所謂科學的進化論，僅能說明地球上萬物的種類，而不能証明萬物的起源。達爾文雖倡進化論，但並未否認宇宙間有上帝的存在。當他刊布此說之時，以為已經找到宇宙萬物的秘鑰，但漸漸發現這個鑰匙，並不能開鎖。因此達氏到了晚年，深深痛悔他早年所倡的謬論，恨不得收回他的著作。在他臨終之時，常在病榻讀經，並時時喃喃自語︰「聖潔的上帝」、「偉大的上帝」、「無比的救主」。據當時看顧達氏的何柏夫人（Lady Hope， Norihfield， England）所作的見証說︰「達氏在臨終之前，自承其所倡之進化論，乃為少年無知時的懸測和空想，萬不料他的書竟成燎原之禍，世人把它當作一種宗教。」
現在著名的進化論者，也坦白承認，物種的原始，乃是一個謎。以是無法解釋人類的起源。而且照生物學者的研究，沒有結構的相似性（structural similarities），僅有遺傳的關系，可以証明其類緣（affinity）或血統。驗血不能証明遺傳的關系，因為僅用一部分的血；但是最后把全部的血來檢驗，証明人的血和禽獸的血，乃有本質的不同。
有一個著名的科學家佛蘭明（Fleming），詳細考驗的結果說︰我們不可以把猿猴，和其他哺乳動物，和人排在一起，以示彼此的血統關系；更不可把它刊登雜志和其他刊物，供人閱讀，此乃非常荒謬，而貽害人類的事；或把大猩猩和黑猩猩標為人類的堂兄弟，或至親；或將粗野殘暴的爪哇人視為近代人的祖先。做這種事的人，乃是「非愚即妄」，自証其不學無知或故意「顛倒是非」，「以偽亂真」﹗
佛來虛孟（Dr．Fleischmann of Erlangen）更強調說︰「達爾文主義，沒有絲毫可証的事實，乃完全是一種幻想。」季特氏（Dr.B.Kidd）說︰「達爾文主義，乃是一種惑世的假說，尤為荒謬絕倫的，不學無知的愚味。」
生命到底從何而來，萬物的原始，人類的起源，這個問題，至今仍為進化論者不能解答的懸案。有機物和無機物之間，乃有極大的鴻溝，迄今無法溝通。無論何人不能從沒有生機的物質中來創造生命。所以陶生爵士（Sir William Dawson）說︰「我不知人類的起源，只有聖經給我們啟示──『起初上帝創造天地』。……上帝說︰『我們要照著我們的形像，按著我們的樣式造人。』（創一1、26）我僅知聖經，不知其他，我亦不知有何人能做這事。」佛蘭明在其《人類的起源》一書中又說︰「現在科學所能說的，乃限于人類有限的知識，既不能知道，也不能証明人類如何，或在何時，從何處有其原始。」所以關于人類的起源，進化論仍是一個無從解答的懸案。
進化論不能說明人類究將進到何種境界，對人類將來究將如何演變，對于這些問題，都是瞪目不能置答。他們僅僅提出以下各種學說︰
1．適應說（Adaptation）──例如長頸鹿，本來頭頸甚短，因為要吃棕樹上的東西，漸漸把頭頸拉長，于是變成長頸。又如鴨子的腳，因為要在水中游泳，所以和雞腳不同，腳指之間，長成掌皮。此說乃為法國動物學家賴馬克（Lamarck）所倡。但為什么其他在棕樹間的動物沒有長頸，為什么雞沒有腳掌，賴氏不能自圓其說。
2．自然淘汰說（Natural selection）──達爾文看到許多生物，生出以后不能生存，其后代便漸漸死去，或不能圓滿發展，經過自然淘汰，便形消滅；只有能適應環境者才能生存。為了爭逐食物，爭取地盤，抵抗旱災、酷暑或嚴寒，要努力奮斗；否則便歸淘汰。達爾文名之曰「適者生存」，今人謂為「自然淘汰」。
3．突變說（Mutation）──為了某種無法明狀的原因，有些生物發生變異。
以上三說，無論為適應環境，因自然淘汰，或發生突變，但變來變去，終不能改變其種類；更無從使動物變成人。「各從其類」，「上帝說︰『我們要照著我們的形像，按著我們的樣式造人。』」（創一章）此乃聖經的真理，可証進化論之妄。
世上萬物，雖是種類繁殊，各有不同；但每一物種，雖代代相通，卻始終保持其相似性和一貫性。進化論者一味講變，卻無視萬物的固定性。例如原生動物（Protozoa），乃始終未變。猿猴始終是猿猴，人始終是人，為什么不能改變，此乃進化論不能解答的難題。
進化論者認為進化乃是漸次的，假以時日，必可發現中間之環的實例；但迄今始終未曾發現。學者謂為「遺失之環」（Missing Link），淺薄的學者，以為已經找到；卻未知人獸之間，乃有極度的異點。不但肌肉組織不同，更有血型的不同；人和猿猴的血型乃完全兩樣。生物學家赫胥黎說，人與禽獸，各有其截然獨立，無可混淆的分界，即人與猿猴之隔，亦無限量，僅就靈性道德而言，人乃永居萬物之上，進化論者，雖遍游寰宇，欲覓一動物，可于人猿之間，以為媒介，卻終不可得。此即所謂「遺失之環」。
進化論者，偏執成見，強調其相似性，而無視各種生物大相懸殊的差別性。他們雖不顧事實，但事實俱在，絲毫不能解決問題；「各從其類」，每一物種，仍是有其各別不同的異點。雖然紐西蘭有一種鳥，名叫「奇微」（kiwi），形如獸類，沒有羽毛，而有頭發，雖有翅膀，卻不會飛。他如鴕鳥，雖有翅膀，僅助其奔跑，而不能飛；松鼠雖能飛，但僅是在地面上滑翔；蝙蝠雖為哺乳動物，卻會飛。凡此乃使我們知道每一種都各屬其各自的物種，都有其基本的結構。倘使割去了雞的翅膀，仍是屬于飛禽一類；翅膀並非其獨有的或主要的特征。蝙蝠雖能飛，但仍屬哺乳動物。如為牛裝了翅膀，並不能改變其哺乳動物的屬類。能在地面上滑翔的松鼠，都知其為哺乳動物，進化論者如果強詞奪理，說松鼠既有雙翅拍動，可証其已變成飛禽。固退一步，承認其說，則乃自動物退為飛禽，照進化論的說法，乃為飛禽進化為走獸，則其強辯，乃是退化，不是進化，乃弄巧反拙。
進化論者，每自炫其能作科學的探究，但基督徒的思辨乃超過科學，而不違反科學；聖經非科學，卻都合乎科學。大科學家如牛頓、巴斯噶、哥白尼……等，都篤信聖道，為虔誠聖徒（詳見拙著（一）《科學家的信仰》；（二）《世界名人宗教觀》二書）。但進化論者卻作主觀空想，違反科學，自相矛盾。真正科學家倘使發現其越出科學的范圍，會立刻承認；淺薄的科學家卻想入非非，不肯認錯，又複大言不慚，發表其無可証驗的主張。進化論者所信所講的，既無可靠的實証，亦不能說明，某一物種變成另一物種如何演變的過程，尤不能找出其中間的「環」，這便是進化論的根本缺點與難題。
進化論者，不能明辨人獸之間的鴻溝，尤其漠視人乃有靈魂，且複不知人類乃有語文。人類能彼此交談，鸚鵡僅能學語，但不能通情達意。而人類宗教的信仰，尤為人獸不同的特點。動物不能思維推理，人類和動物不能交談，此乃人獸極大的差別。除此以外，還有許多重要的異點︰
1．猿猴都是色盲；
2．除人以外，其他哺乳動物也是色盲；
3．狗也是色盲；
4．猿非社交動物，只吃素，不吃肉類。
上文已經論及，進化論在哲學方面說，其范圍更廣，對于教育、歷史、經濟、政治、文藝、神學、……都有重大影響；但從基督教的觀點看，卻有許多毛病︰
1．所謂進化，必先有推進之力，但他們不能解答這最初推進之力從何而來，可見其學說乃出自他們虛構的妄想。則進化論乃為「虛空的妄言」（西二8）。
2．一切運動必有其指導的智力，否則所謂進化，乃是一種無目的無意義的盲動。英國哲學家斯賓塞（Her-bert Spencer， 1820一1903）認為現象界之奧秘，必有其偉大的本體，此非人類知識所能窮，必有一無上的心智在主宰控製。于是不能不承認上帝，否則整個世界，乃似一輛飛快車，在黑暗中無目標地向前直沖；若不懸崖勒馬，整個人類將同歸于盡﹗
3. 有了宗旨，有了目標，便須有「定力」（fixity），這便不能再附和進化論。
4．進化論者輒好藉科學為護符。其實所謂科學，非真正科學，僅為「科學主義」，乃是一種偏見，此乃根本違反科學的精神，把人類知識，限于官感，把更重要的心靈界的知識，一概抹煞，完全否認。
5. 世界現象，雖有變易，但也有其不變的本體，未可僅知其一，而不知其二。倘使僅有變易，則勢必沒有「實體」（reality）之存在。萬物必須要有其「定力」的準則，否則將天翻地覆，不堪設想。可見進化論不但謬誤，而且有害。
6．從歷史來看，有許多事象，乃和進化論沖突。在許多最原始，最不開化的民族中，卻在繪畫藝術方面，有許多真正的天才。在哲學方面，古希臘的哲學家卻在許多方面勝過現代人。現代所謂大國，如南非，如羅馬，如希特勒統治下的德國，……在許多方面，我們很難說，到底是進步，
還是退步。整個歷史不能証明進化論的確當。
??? 7．進化論說人類乃是從粗野而漸進步向上，此種學說，乃與聖經大相抵觸。上帝乃是照他自己的形像，按他的樣式造人（創一26），乃是十全十美，在伊甸園中，和上帝同行，乃是極樂世界（創二章）；不幸始祖犯罪墮落，始受咒詛，以是荊棘遍地，終身勞苦，汗流滿面，才得胡口（創三章）。進化論者的想法，乃和聖經大相抵觸。其尤妄者，乃為進化論否認原罪，不知人類離神叛道。他們既不知主耶穌「道成肉身」，降世為人，拯救世人，出死入生，不至滅亡，得著永生；複不知救主再臨，那時天地都要被烈火燒盡；只有上帝的兒女，基督聖徒，要進入新天新地，有義居在其中（參彼后三8一14；啟二一章）。進化論者僅知做其幻夢，以為只要靠人的努力，便能日趨進步，乃是一種無神的世俗主義和人文主義。關于此點，著者另有專書詳論。