教會的組織乃是一個既存的事實，即使沒有關于這方面的寫作，沒有關于會友的記錄名單或是正式推選的職員，她乃照樣存在。凡此乃僅可作証明，可資提示，且可有助于組織，但並非組織的要素。教會組織既存的事實，不僅是非正式的，而乃為正式的組織，此在新約裡面，乃有許多事例，可以証明，就其要者而言，例如︰
1．關于聚會──使徒行傳二十章七節說︰「七日的第一日，我們聚會擘餅的時候，保羅因為要次日起行，就與他們講論……。」希伯來書十章二十五節說︰「你們不可停止聚會，好像那些停止慣了的人，倒要彼此勸勉。」
2. 關于選舉──使徒行傳一章二十三至二十八節說︰「于是選舉兩個人，就是那叫作巴撒巴，又稱呼猶士都的約瑟，和馬提亞。眾人就禱告說︰『主啊，你知道萬人的心，求你從這兩個人中，指明你所揀選的是誰……。」六章五至六節又說︰「……就揀選了司提反，乃是大有信心、聖靈充滿的人；又揀選腓利、白羅哥羅、尼迦挪、提門、巴米拿，並……尼哥拉。」
3．關于職員──腓立比書一章一節說︰「基督耶穌的仆人保羅和提摩太寫信給凡住往腓立比、在基督耶穌裡的眾聖徒，和諸位監督，諸位執事。」
4．關于教牧──使徒行傳二十章二十節保羅說︰「聖靈立你們作全群的監督，你們就當為自己謹慎，也為全群謹慎，牧養神的教會，就是他用自己血所買來的。」
5．尊重教牧──馬太福音十八章十七節說︰「若是不聽他們，就告訴教會；若是不聽教會，就看他像外邦人和稅吏一樣。」
6．關于紀律──哥林多前書五章一、五、十三節說︰「風聞在你們中間有淫亂的事……，要把這樣的人交給撒但，……你們應當把那惡人從你們中間趕出去。」
7．關于捐獻──羅馬書十五章二十六節說︰「因為馬其頓和亞該亞人樂意湊出捐項；給耶路撒冷聖徒中的窮人。」哥林多前書十六章一至二節說︰「論到為聖徒捐錢，我從前怎樣吩咐加拉太的眾教會，你們也當怎樣行。每逢七日的第一日，各人要照自己的進項抽出來留著……。」
8．關于荐信──使徒行傳十八章二十七節說︰「他（亞波羅）想要往亞該亞去，弟兄們就勉勵他，並寫信請門徒接待他，他到了那裡，多幫助那蒙恩信主的人。」
9．關于照顧寡婦──使徒行傳六章一節說︰「有說希利尼話的猶太人向希伯來人發怨言，因為在天天的供給上忽略了他們的寡婦。」提摩太前書五章九節說︰「寡婦記在冊子上，必須年紀到六十歲……。」
10．關于浸禮──使徒行傳二章四十一節說︰「于是領受他話的人就受了浸……。」
11．關于風俗慣例──哥林多前書十一章十六節說︰「若有人想要辯駁，我們卻沒有這樣的規矩，神的眾教會也是沒有的。」
12．關于教會規矩──哥林多前書十四章四十節說︰「凡事都要規規矩矩的按著次序行。」歌羅西書二章五節說︰「我……見你們循規蹈矩，信基督的心也堅固，我就歡喜了。」
13．關于教會會友──馬太福音二十八章十九節，主說︰「所以你們要去，使萬民作我的門徒，奉父子聖靈的名，給他們施浸。」使徒行傳二章四十七節說︰「主將得救的人天天加給他們。」
14．關于主的聖工──腓立比書二章三十節說︰「因他為了基督的工作（新譯本），幾乎至死，不顧性命，要補足你們供給我的不及之處。」
新約指示我們，教會組織的發展，在主耶穌基督上十字架以前，教會尚在其萌芽時代；我們應加注意，自四福音到使徒書信，有各種改變的名稱。在四福音書裡，信從基督的乃通稱為「門徒」，但在使徒書信裡面，就不見此名稱；只見「聖徒」，「弟兄」或「教會」。基此而論，我們可以看到近代乃有兩種不合聖經的謬論。茲申論之︰
1．教會乃完全是靈體──這一派的人以為教會乃完全是一種靈體，並沒有外形的組織，只是藉著每一信徒和他內在的主，彼此的關系，大家聯合在一起。
照這種學說，則教會乃僅為許多孤立單位的集合體。那些信徒偶然一起聚在一個特定的地區，或是偶爾同住在一個時間，就構成在那地那時的教會。這種意見，乃由教友派會員（Friends）和普裡木斯教友會（Plymouth Brethren）所主張。此說乃混淆有形教會和無形的教會，且又違反聖經的道理。
有形教會裡面乃包含若干並非真正的信徒。使徒行傳五章一至十一節就曉諭我們，在有形教會裡面就有那種不是真誠無偽的信徒。哥林多前書十四章二十三節說︰「……全教會聚在一處的時候……有……不信的人進來。」腓立比書三章十八至十九節使徒保羅更沉痛的說︰「有許多人行事，是基督十字架的仇敵。我屢次告訴你們，現在又流淚的告訴你們︰他們的結局就是沉淪」﹗
普裡木斯教友會誠恐教會組織會變成機器，所以不愛組織，他們又怕牧師會變為主教，所以又反對按立牧師。他們又反對為聖靈祈禱，因為聖靈已于五旬節降臨；殊不知教會乃確在五旬節后祈禱；使徒行傳四章三十一節說「禱告完了，聚會的地方震動，他們就都被聖靈充滿，放膽講論神的道。」聖靈乃是無處不在的，我們說聖靈降臨。無非乃是他的彰顯而已，該會實無反對祈禱之理由。路加福音十一章十三節說︰「你們雖然不好，尚且知道拿好東西給兒女；何況天父，豈不更將聖靈給求他的人嗎？」此語乃尤見明切。
普裡木斯教友會要廢除一切的組織與教派，把基督教界聯合起來，卻由他們自己建立了一種新的教派，且心胸更為狹窄嚴酷，敵視其他的教派。但是人類的本性，總是有組織的傾向。甚至普裡木斯教友會，也經常聚會，結果也變成一種組織。不但違反他們自己反對組織的主張，且複變本而加厲。若干教師和首長且被默認為組織之職員；各種委員和規章也不知不覺被采用，藉此推進事工。此外甚至他們中間有一位作者說，那時天下的人口音、言語，都是一樣，他們往東遷移，在士拿地建造一座城和一座塔，塔頂通天，目中無神，為要傳揚他們自己的名，上帝為著「審判」，在那裡變亂他們的口音，使他們的言語，彼此不通，于是耶和華使他們從那裡分散在全地（參創一一章）。但是他卻不知由于上帝的「恩典」，到了五旬節，門徒都聚集在一處；忽然從天上有響聲下來，像一陣大風吹過，充滿了他們所坐的屋子；又有舌頭如火焰顯現出來，分開落在他們各人頭上，他們就被聖靈充滿，按著聖靈所賜的口才，說起別國的話來，彼此又言語相通（參徒二章）。最后上帝彰顯他的「榮耀〕，有許多的人，沒有人能數得過來，從各國各族，各民，各方來，站在寶座和羔羊面前，身穿白衣，手拿棕樹枝（用同一種方言），大聲喊著說︰愿救恩歸與坐在寶座上 我們的上帝，也歸與羔羊（參啟七章）
《民族襟志》在一篇文章裡寫著說︰人類每一位，都需要有人領導他們，如果沒有，他們自己也要推選一位。一個在五十個人以上的團體，如果要相處，必須推選一位首長，給他權柄，執行規律，維持紀律秩序。甚至社會主義者和無政府主義者，也有他們的首領，但是他們的首領，時常獨斷獨行，任作妄為，用高壓手段，逼害人民。阿博德氏（Lyman Abbott）說︰「真正信徒的社團，乃如世界最大的河流，乃是沒有堤岸的；乃起自墨西哥灣；沿著我們的海岸，涌流到大西洋，直到歐洲海岸，在它接觸之處，就結出愛的花果來。杏子和無花果，乃都証明其豐饒的性能。此乃由其自己分子的熱力結合在一起。」這乃為說明無形教會很好的例証。有形教會固然必須和沒有重生的人分別開來；但其內在的本質與性能卻必然令其要有組織。
威廉黎特博士（Dr. Wm. Reid）在其所著《普裡木斯教友主義的真相》一書中分析該會的教會原理，特列舉以下六點︰（1）在五旬節前，教會並未存在；（2）有形教會與無形教會乃是相同的；（3）只有一個上帝的會；（4）聖靈的主宰；（5）反對人為的事奉；（6）沒有管製的教會。除此以外，還有以下十種異端︰（1）基督屬天的人性；（2）否認基督的義；僅視為對律法的遵從；（3）否認基督義的轉嫁；（4）在複活基督裡稱義；（5）基督受苦，並非救贖；（6）否認生活準則的道德律；（7）主日不是安息日；（8）至善說︰謂人在今世可以達到道德完善境界；（9）聖徒秘密被提，與基督同在；（10）前千禧年說。
2．教會無一定的模式──此派認為教會在新約裡面並沒有一定組織的模式，每一信徒的集團可照其環境和情況作權宜的處理。
這種意見，教會史家尼安特氏（Neander）在某方面雖似表贊同，認為在教會歷史逐步改進發展上，此乃易起的事態；但他又謂一個確當的歷史發展的學說，不應當排除教會組織的觀念。此派之誤乃在過分張大新約教會在實施方面的不同；而反估低並藐視神所指示的教會和合之方法。