教會組織的性質可分三點來說︰一為教會的會友；二為教會的目的；三為教會的律法，茲分論之。
地方教會正式的會友，乃是重生得救的人。只有已經先與主耶穌基督聯在一起的人。使徒行傳二章四十七節說︰「主將得救的人，天天加給他們。」五章十四節說︰「信而歸主的人越發增添。」哥林多前書一章二節說︰「哥林多上帝的教會，就是在基督耶穌裡成聖，蒙召作聖徒的，以及所有在各處求告我主耶穌基督之名的人；基督是他們的主，也是我們的主。」
教會的會友既以重生得救的人為限，就產生以下三種的果效︰1．促進與主的關系；2. 會友乃彼此平等；3．教會乃彼此平等。茲分論之︰
1．促進與主的關系──每一個會友既都屬主，乃以主為至上，教會乃是一個身體，都承認基督是唯一立法者。每一個信徒與教會的關系，並非取代，乃為促進並表現其和基督的關系。
約翰壹書二章二十節說︰「你們從那聖者受了恩膏，並且知道這一切的事」。尼安特氏說︰「每一個信徒，乃受聖靈的恩膏，不應當把他自己放在任何教師或人底下，此乃抵觸他本有的權利……。」所以有些教牧，把他取代教會以及教會的事工與敬拜，而不負領導之責，乃是不當的。有些宣教士把他所帶領歸主的人，一直像孩子般加以守護，不知適可而止，乃不合新約教會組織的道理，也不合主耶穌的教訓。主耶穌乃注重對門徒的訓練教導，使他們能運用他們的自由，負起他們應負的責任。麥考萊氏（Macaulay）說︰「唯一醫治自由之病的方法，還是自由。」愛特溫史密斯（Edwin Burritt Smith）說︰「有一個比優良治理更好的辦法，乃為自治。」能夠自治的人和一個能夠自治的教會，結果就會得好的治理。而一個一直守護他們會友的所謂好的治理（Good Goveannceub），結果將使好的治理永難實現。
詩篇一百四十四篇十二節說︰「我們的兒子，從幼年好像樹栽子長大；我們的女兒，如同殿角石，是按建宮的樣式鑿成的。」我們對會友須加鼓勵造就，使他有在其本性裡的獨立性，而完完全全依靠基督。教牧最神聖的責任，乃是要使他的教會能夠自治與自養；而其成功最好的測驗，則乃在他離開教會或離世以后，其教會仍能存在且興旺發展。這種牧會的工作乃需要自我犧牲與自我隱藏；不求自己的益處，不求自己的榮耀。但是有些教牧自然的趨向，不免要濫用自己的職權，希望高升，成為主教。在他裡面乃有一位躍躍欲起的「教皇」。為要得其會眾的支持，他就卑躬屈節，不傲慢自大；但教會若有所建樹，他就志高氣昂，自負不凡。為要醫治這兩種病態──奴性與傲氣，唯有常常念茲在茲，謙卑束腰，忠心耿耿；尊主為大，高舉基督，增強與主的關系。
2．會友乃彼此平等──每一位重生得救的信徒，既承認彼此都是在主內的弟兄姐妹，則大家乃都站在絕對平等的地位。主耶穌在馬太福音二十三章八至十節說︰「你們不要受拉比的稱呼，因為只有一位是你們的夫子，你們都是弟兄；也不要稱呼地上的人為父，因為只有一位是你們的父，就是在天上的父；也不要受師尊的稱呼，因為只有一位是你們的師尊，就是基督。」
約翰福音十五章五節，主耶穌又說︰「我是葡萄樹，你們是枝子。常在我裡面的，我也常在他裡面，這人就多結果子；因為離了我，你們就不能作什么」。其中沒有一根枝子，超越其他枝子，即或有一根枝子，因所生的地位較優，因此就較為發展，結果子也較多，但是種類乃都是一樣，乃都從一個根源得到生命，離開了根，就都不能結果子。「這星和那星的榮光，也有分別」（哥林多前書十五章四十一節），但乃都是照在同一個天空，且都是從同一個日頭得到其光。彼得前書五章一至四節說︰「我這作長老、作基督受苦的見証、同享后來所要顯現之榮耀的，勸你們中間與我同作長老的人︰務要牧養在你們中間神的群羊，按著神旨意照管他們；不是出于勉強，乃是出于甘心；也不是因為貪財，乃是出于樂意；也不是轄製所托付你們的，乃是作群羊的榜樣。到了牧長顯現的時候，你們必得那永不衰殘的榮耀冠冕。」
康士坦丁雖為羅馬君皇，但是他卻認為他做基督教會會友的地位，乃比他羅馬帝國元首的地位，更為高貴。無論是教會或是其教牧，都不應當依靠他們會眾裡沒有重生的會友。但是有很多教牧的處境，乃非常可憐，亦複可悲，好比一個馴養獅子的人，他的頭乃在獅子的口裡面；乃完全受製于人，要仰人鼻息。一個教牧依靠他所教導的屬靈的團體，乃是和他的尊嚴與忠心都是無損的，且是正當的；但是倘使他仰仗那些並非真正信徒，且他們乃出自世俗的動機，用世俗的方法，來干涉教會的事，則其后果，必將摧毀其事工一切屬靈的果效。一個教牧，切不可趨炎附勢，對每一個會友要一視同仁，彼此平等，且要接著正意，傳揚純正福音，闡發基督聖道的真諦。
3．教會乃彼此平等──每一地方教會乃直接屬于主耶穌基督，受他的管製，沒有一個教會對另一教會有管轄權。所以每一個教會所站的地位，乃是平等的；而且獨立自由，不受政權的干與和支配。
主耶穌在馬太福音二十二章二十一節說︰「該撒的物當歸給該撒，上帝的物當歸給上帝。」使徒行傳五章二十九節︰「彼得和眾使徒回答說︰順從上帝，不順從人，是應當的。」每一信徒乃和主耶穌基督有切身的關系，所以甚至教牧如果要介在信徒和基督之間，乃為不忠于主，且複有損于他的靈命。如果教會要想把另一個教會受製于他或聯在一起的教會；甚或要使教會受國家的奴役，那就更要受到指責。浸信會有一個著名的教義，就是主張在基督之下，良心乃是絕對自由的。這乃正如羅馬書十四章四節說︰「你是誰，竟論斷別人的仆人呢？他或站住，或跌倒，自有他的主人在；而且他也必要站住，因為主能使他站住。」英國哲學家陸克（John Locke）在美國獨立百年之前說︰「浸信會會友乃是最初唯一倡導絕對自由，公正的與真正的自由，和平等的與無私的自由之人。」彭可樂夫（George Bancroft）論威廉氏（Roger William）說︰「他乃是近代基督教國家倡導對宗教良心自由學說的人，良心自由最初乃是浸信會會友的戰利品，他們的歷史，乃是用鮮血寫的﹗」
浸信會認為國家的本分，乃完全是世俗的、民事的，至若關乎宗教的事，則完全在其管轄權之外。但是為著經濟問題，又為維護他自己的政權，也會保証其人民宗教的權利，並且免除他們納稅的負擔，如同準許學校和醫院一樣。霍蓋瑛氏（Hall Caine）在其《基督徒》（The Christian）一書中說︰「國家不是柱子，乃為毛虫」（前者為“pillar”，后者為“Caterpillar”，乃為諧音，譯成中文，則無甚意義），倘使他越過其權力的范圍，強逼或禁止某種有關宗教的學說或教義，那就將喪盡國家的命脈。那時羅馬天主教在美國羅德島州（Rhode lsland）就被指責曾剝奪這種權利。以斯拉記八章二十二節說︰「我求王撥步兵馬兵，幫助我們抵擋路上的仇敵，本以為羞恥；因我曾對王說，我們神施恩的手，必幫助一切尋求他的；但他的能力和忿怒，必攻擊一切離棄他的。」誠可作歷世歷代教會的模范。教會雖理當請國家保護他們教拜神的權利，因為他們會友乃是國家的公民；但是一個有組織的教會，倘靠國家供應其收入，乃為可恥的事。
教會唯一之目的乃為榮耀上帝，建立上帝的國度，這個國度，一方面乃在信徒的心裡，一方面乃在世界。
要達成這個目的1．應共同敬拜；2．應彼此勸勉；3．應道化世界，茲分論之︰
1．共同敬拜──此乃包括祈禱與教導。希伯來書十章二十五節說︰「你們不可停止聚會，好像那些停止慣了的人，倒要彼此勸勉，既知道那日子臨近，就更當如此。」一塊燒著的炭火，很快就會息滅，如果很多的炭聚在一起，那就會成為狂盛的火焰。語雲︰「獨木不成林」；又雲「孤掌難鳴」；團結發生力量。有些人努力自修，不進高等學府進求深造；也有些人自己靈修，不到教會；但是他們的人數不多，且究非學業深造，靈性長進最善之道。
2．彼此勸勉──帖撒羅尼迦前書五章十一節說︰「所以，你們該彼此勸慰，互相建立，正如你們素常所行的。」希伯來書三章十三節說︰「總要趁著還有今日，天天彼此相勸，免得你們中間有人被罪迷惑，心裡就剛硬了。」教會存在，其目的乃在（1）有理想，（2）能策動，（3）能發揮潛能。正如面團須有酵母，始能發漲，教會也需生命的潛力，始能發揮感化的力量。如果把一盞不發光的燈，拿到別的地方去，也是不會發光的；要在遠方發光，先要在本處發光。主耶穌說︰「你裡頭的光若黑暗了，那黑暗是何等大呢﹗」（太六23）
3．道化世界──主耶穌升天以前，對門徒說︰「天上地下所有的權柄都賜給我了。所以你們要去，使萬民作我的門徒。」（太二八18、19）主耶穌又對他們說︰「你們往普天下去，傳福音給萬民聽。信而受浸的必然得救，不信的必被定罪。」（可一六15一16）使徒行傳八章四至五節說︰「那些分散的人往各處去傳道。腓利下到撒瑪利亞城去，宣講基督。」哥林多后書八章五節說︰「並且他們所作的，不但照我們所想望的，更照神的旨意先把自己獻給主，又歸附了我們。」猶大書二十三節說︰「有些人你們要從火中搶出來，搭救他們；有些人你們要存懼怕的心憐憫他們。」在南洋安內亭（Aneityum）基督教會的牆壁上為著記念在那裡開荒布道的約翰蓋第博士（John Geadie），刻著這些話︰「當他初到此地之時，那地沒有一個基督徒；但當他離開的時候，連一個異教徒都沒有了。」他已經完全道化該地。在英國倫敦西敏寺教會在李文斯東（David Livingstone）的墓碑之上，刻了這些話︰「他四十年努力不倦，道化各地的士著，探究沒有發現的隱藏，廢除中非洲慘無人道的阪賣黑奴的製度，最后又加上他自己最后的話，我在荒蠻之地，孤軍奮斗，最后我要加上這幾句話，但愿天上最豐富的福樂降給美國、英國，或土耳其每一位幫助醫治創傷痛苦之人」。
教會的律法，無非乃為基督的旨意，由聖經加以表達，並由聖靈加以闡發。律法所定的，乃為關于（1）教會會友的資格；以及（2）會友應負的責任。茲分論之。
1．會友的資格──會友的資格，乃有兩大要件，一為重生，二為受浸，即為屬靈的新生與禮儀的新生；乃要將內在的生命與外存的生命完全順服基督；靈命要歸入基督。與基督聯合交契，與他一同受死，一同複活；又藉著浸禮向世人宣稱，與基督一同埋葬和一同複活。主耶穌說︰「我實實在在的告訴你們，那聽我話，又信差我來者的，就有永生，不至于定罪，是已經出死入生了。我實實在在的告訴你們，時候將到，現在就是了，死人要聽見神兒子的聲音，聽見的人就要活了。」（約五24一25）主耶穌又說︰「複活在我，生命也在我，信我的人，雖然死了，也必複活。凡活著信我的人，必永遠不死。你信這話嗎？」（約一一25一26）羅馬書六章三至八節說︰「豈不知我們這受浸歸入基督耶穌的人，是受浸歸入他的死嗎？所以我們藉著浸禮歸入死，和他一同埋葬，原是叫我們一舉一動有新生的樣式，像基督藉著父的榮耀，從死裡複活一樣。我們若在他死的形狀上與他聯合，也要在他複活的形狀上與他聯合……。我們若是與基督同死，就信必與他同活。」
2．會友的責任──每一會友，從聖經裡面，看到基督的旨意，就有權自己決定，用他的才學對主直接負責，為主所用，並且要服從基督的命令。
教會的權限，其范圍如何，未可一概而論。一則對于會友的飲食，當然不應干涉（有些宗派對于某種飲食，乃有禁忌）；二則不能規定應當參加何種社團；三則不能為其選擇配偶；四則也不可為其決定應該從事何種事業。此外對于社會應興應革的事，乃無權直接干與，而對于政治運動尤不應介入，或偏護任何一方。但此乃就教會整個有組織的團體而言。至若就教會會友個人的身分而言，則他乃為國家的公民，天下興亡，匹夫有責。聖經也曉諭我們。「我勸你，第一要為萬人懇求、禱告、代求、祝謝；為君王和一切在位的，也該如此，使我們可以敬虔端正，平安無事的度日。這是好的，在神我們救主面前可蒙悅納。」（提前二1－3）準斯而言，則信徒，教會的會友，對于上述那些事乃應負起他們的責任，作實際的活動。但是教會方面，也應發揮她的功能，在真道上，心靈上，造就他們，準備他們，激勵他們，使他們能夠勝任他們的工作，造福社會，福國利民。從這點意義上說︰教會的事工乃可影響所有人類的關系；而其久遠的福澤乃不限一個國家，且要惠及普世，大道流行，如日月經天，江河行地。
美國林肯總統嘗謂︰「這個國家，不能一半自由，一半奴役」──意指另外一半必要推翻另外一半，彼此之間，乃有一種壓抑不住的沖突斗爭。猶如我國成語說︰「漢賊不兩立」，「水火不相容」。所以世界上基督和敵基督，兩大力量也是如此，亞力山大特夫氏（Alexander Daff）說︰「一個不傳福音的教會，則就不複為福音派教會」，我們還可以進一步說，如果一個教會不再是福音派的教會，則那個教會，就要名存實亡﹗新英倫的先祖說︰「把福音廣傳到世界邊遠之區，就要作繼起之人的踏腳石。他們沒有想到，他們的信心會成為大西方的特性。教會與學校一同發展起來。主耶穌基督是世界的救主，但是救世不能單靠基督一人，我們都要群策群力。」奏善多夫氏（Zinzendorf）稱他的團體乃是「芥菜種協會」（The Mustard-seed Society）他這個名稱，乃是根據馬太福音十七章二十節。主耶穌基督的話︰「……我實在告訴你們，你們若有信心像一粒芥菜種，就是對這座山說︰『你從這邊挪到那邊』，它也必挪去；並且你們沒有一件不能作的事了。」漢門氏（Harmann）在其所著《信心與德行》一書中說︰「基督聖道所以能夠繼續存在，不是藉著何種以為可以不朽之物，而乃因為一直有那些不離聖經，遵從主的引導，見証主耶穌基督，有充分的勇氣，舍己為人，不怕犧牲的人。」