教會在五旬節以前，已經有萌芽──重生得救的使徒們，藉著信心與主耶穌基督聯在一起，在他的教導之下，同心協力的為他工作，那時已經開始有教會的組織。那時已有教會的會計（參約一三29）。他們既已成為一個身體，就舉行第一次聖餐禮（太二六26一29）。為他們所有的意向與心意，他們就組織一個教會，雖尚未有完善的裝備，但卻有聖靈沛降灌澆（參使徒行傳第二章），他們又推派牧師和執事。五旬節后的次日，教會成立，卻還沒有正式的職員。
使徒行傳二章四十七節說︰「主將得救的人天天加給他們。」使徒行傳十九章四節說︰「保羅說︰『約翰所行的是悔改的浸，告訴百姓，當信那在他以后要來的，就是耶穌。』」主耶穌基督乃神人合一的具體表現，且成為上帝住在裡面的真正的寶殿。所以當第一個信徒和基督聯合之時，就成為教會的胚種與雛形。
著者任教的美國高敦神學院與高敦大學創辦人與首任校長高敦氏（Dr．A. J． Gordon）在其所著的《聖靈的使命》一書中說︰使徒行傳二章四十一節所說的「于是領受他話的人，就受了浸。那一天，門徒約添了三千人」，照五章十四節至十一章二十四節所說，乃是「信而歸主」，「歸服了主」，並非加給教會。高敦校長又宣稱這並非信徒彼此相交，而乃為信徒與基督彼此神聖的結合；這不是聖徒任意組織的社團，而乃為和其元首神聖的結合；所以這個結合乃是藉著聖靈，由元首親自使其實現的。居普良（Cyprian）說︰「誰無教會作他的母親，誰就無上帝作他的父親」這句話，乃是大謬不然。因為這樣就使得救要靠教會，而非靠基督。台克斯德（Dexter）說，「劍橋論壇」把長老執事，視為尋常的職員，乃僅謀教會的福利（Well being），而非為教會本身（being），亦屬謬妄。
費許氏（Fish）在其《教會論》一書中用一種類比論把教會分作三大時期；（1）為產前時期，那時的教會和有形有體的基督是不分開的，（2）為兒童時期，那時的教會已不在守護之下，就準備要有一個獨立的生命，（3）為成熟時期，那時期的教會有他的教義與職員，準備自治。這三個時期，也可說是萌芽時期，開花時期和結實時期。在主耶穌基督十架受死以前，教會尚在萌芽時期。
教會在主耶穌基督升天以后，就受使徒們的守護教導，藉著教育的過程，就準備獨立與自治。由于教義漸漸的無誤的傳授，由于使徒們口頭與書面的教誨，我們可以確信無疑，教會就被漸漸並且無誤的引導采取主耶穌基督教會組織的計劃，推進教會的事工。還有同樣的聖靈的應許，使新約聖經成為無誤而完備的，無論何時何地的教會信仰和行為的準則。
約翰福音十六章十二至二十六節這一段聖經，可以簡單的說，乃為聖靈要漸漸引導進入一切真理的應許。我們把使徒保羅的書信，加以循序的分析，就可以看到他對教會體製與教義所講的道理，乃是漸趨明確的。在教會最初的時候，其重點乃在教訓，非在組織。到了以后，他的思想就重在教會的組織；但是甚至他最初的書信裡面，我們也可發現思想的萌芽，以后則漸形發展。茲將其書信，依看年代的先后，分別列于后︰
1．帖撒羅尼迦前書五章十二至十三節（主后五十二年）──「弟兄們，我們勸你們敬重那在你們中間勞苦的人，就是在主裡面治理你們、勸戒你們的。又因他們所作的工，用愛心格外尊重他們；你們也要彼此和睦。」
2．哥林多前書十二章二十八節（主后五十七年）──「神在教會所設立的︰第一是使徒；第二是先知；第三是教師；其次是行異能的；再次是得恩賜醫病的；幫助人的；治理事的（這是牧師所需的）；說方言的。」
3．羅馬書十二章六至八節（主后五十八年）──「按我們所得的恩賜，各有不同。或說預言，就當照著信心的程度說預言，或作執事，就當專一執事；或作教導的，就當專一教導；或作勸化的，就當專一勸化；施舍的，就當誠實；治理的，就當殷勤；憐憫人的，就當甘心。」
4．腓立比書一章一節（主后六十二年）──「基督耶穌的仆人保羅和提摩太寫信給凡住腓立比、在基督耶穌裡的眾聖徒，和諸位監督，諸位執事。」
5．以弗所書四章十一節（主后六十三年）──「他所賜的，有使徒，有先知，有傳福音的，有牧師和教師。」
6．提摩太前書三章一至二節（主后六十六年）──「『人若想要得監督的職分，就是羨慕善工。』這話是可信的。作監督的，必須無可指責。」對于這最后一節經文，胡德氏（Huther）說︰「保羅最初乃注意教會的合一。以后才把教會的首領顯明出來。這並非說教會在最初的時候無人領導；乃僅因以后教會的情況，必須重視教牧的職位與事工。」
麥祺弗氏（McGiffert）把保羅書信的日期提早，例如帖撒羅尼迦前書乃為主后四十八年；哥林多前書乃為主后五十一，五十二年；羅馬書乃為主后五十二，五十三年；腓立比書乃為主后五十三至五十八年；以弗所書乃為主后五十二，五十三年（或五十六至五十八年）；提摩太前書為主后五十六至五十八年。是甚至在保羅最早書信以前，乃有雅各書，這約寫在主后八十八年，雅各書五章十四節說︰「你們中間有病了的呢，他就該請教會的長老來；他們可以奉主的名用油抹他，為他禱告。」他寫這信，乃在主耶穌基督離世后二十年之間，可見在那個時候，已經有教會組織確定的模式。
關于主耶穌的門徒們究竟在他們教會的組織上，采用多少猶太人會堂的模式，尼安特（Neander）曾有著述，可供參考。無可置疑的，教會的牧師職乃為采用猶太人會堂長老職的結果。在猶太人會堂裡面，長老們委身于聖經的研究與闡揚。猶太人會堂大家相聚一堂，虔心祈禱，並且施行紀律。他們在治理方面，采取民主的方式，尊重彼此的獨立自由。會友選舉職員乃采用希臘民眾聚會的方式。但是愛特馨氏（Edersheim）則認為猶太人會堂長老的選舉，乃是靠會眾的選擇。泰爾默氏（Ta1mud）說︰「被選的教會首領若非與會眾商討，便不能管轄會眾。」
信徒不論有多少，只要遵照主耶穌基督在新約裡所規定信仰與實踐的準則，就可組織教會，大家聯合起來一同敬拜事奉。這事最好先舉行一個眾教會的會議，和他們商議，提供意見，然后組織一個新的地方教會。但是這種商議，雖是重要，乃僅為集思廣益，各陳所見，並非直接組織教會；即使沒有這種商討會議，那些信徒的團體，只要遵照新約的先例，作為模范，仍然可以組織一個真正基督的教會。複次，如果在外邦國家，有一群悔改歸主的信徒，也可以由他們推舉一人，為其餘的人施浸，組織一個新約教會。
使徒行傳十一章十九至二十六節說︰「那些因司提反的事遭患難四散的門徒直走到腓尼基和居比路，並安提阿。他們不向別人講道，只向猶太人講。但內中有居比路和古利奈人，他們到了安提阿也向希利尼人傳講主耶穌。主與他們同在，信而歸主的人就很多了。這風聲傳到耶路撒冷教會人的耳中，他們就打發巴拿巴出去，走到安提阿為止。他到了那裡，看見上帝所賜的恩就歡喜，勸勉眾人，立定心志，恆久靠主。這巴拿巴原是個好人，被聖靈充滿，大有信心，于是有許多人歸服了主。他又往大數去找掃羅，找著了，就帶他到安提阿去。他們足有一年的工夫和教會一同聚集，教訓了許多人。門徒稱為基督徒，是從安提阿起首。」這使我們看到，安提阿教會，顯然乃是自己建立，自己掌管的。那裡除了悔改歸主的人以外，並不是有權勢的人被請起來建立教會和組織教會。照這段聖經的提示，這乃是因「主與他們同在」，和「上帝所賜的恩惠」（徒一一21、23），這個發動力乃起自歸主起信的個人，他深感有責，應當遵奉基督的命令，無人可以推卸其責。
他們可以推選自己的職員。教會會議沒有權組織教會。倘使上帝能從石頭裡興起亞伯拉罕的子孫；他當然也能從由他拯救悔改歸信的信徒中興起牧師和教師來。
馬丁路德引証海經巴氏（Hagenbach）在其所著的《教義史》一書中的話說︰「倘使有一個平信徒的集團被擄以后，送到沙漠裡去，在他們中間沒有祭司，但是大家同意，推選一位可為他們施浸，舉行聖餐，求告赦罪，傳講福音，這一位祭司乃就似由主教和教宗所按立的，完全一樣的。」