關于教會治理的學說，大率可分六種︰一為教友會的學說︰二為伊拉斯派的學說；三為聖公會的學說；四為天主教的學說；五為公理會的學說；六為國教派的學說。茲分論之︰
教友會（Society of Friends）。此派開祖為英人福克思（George Fox， 1624-1691），其宗旨乃在嚴守原始教義，認為得救非靠聖經，乃靠心靈，基督乃在吾心，教會與禮拜，均不可恃；唯有此心之光，能引領我們出黑暗而進入光明，使我們能知能行。此派摒除儀式；聚會的時候，僅事默禱，以為祈禱虔誠，可望聖靈降臨。此派在英曾遭政府嚴禁，直至一六八八年，遂離開英國，來美布道，得賓州元勛賓威廉氏（William Penn）的支助，故于賓州裴城立足。裴城遂有Quaker City之稱。其會友集合祈禱，全身戰栗，故該派又稱「戰栗教友」（Quaker），此派主張萬人平等，反對戰爭及世俗娛樂，甚至以為文藝亦有危險，應與遠離。其教會不設祭司牧師，僅以長于講演者為說教師。且複反對一切教會的治理，以為一切教會外表的組織會使教會沒落，其后果就會反對基督教的精神。此派之誤乃在重視人的因素，而漠視上帝的因素，以及上帝所賜超凡的大能；而以人的辦法來掌管教會，以人的知能來代替聖靈的人能。因此他們以為組織有形的教會，不但無需，而且有罪。這派乃是對于英國「教階組織製」的一個反動；乃帶有神秘主義的色彩。但在美國則和英國不同，他們乃有正式按立的牧師，而且他們舉行崇拜聚會的方式，乃和其他教會很多相似。
此派之名乃由伊拉斯都（Erastus， 1524-1583）而來。此派乃把教會視為一種社團，乃是照國家所訂的規章而建立，並定其模式。教會的職員，僅為教師或傳道人，他們對教會的治理，除非得自地方長官的交托，乃無權過問。易言之，治理教會，乃為國家的任務。國家且可施行紀律，開除教友。教會的譴責，乃為民事的處罰，教會法定的職員，僅可由政府委托，加以執行。這種學說，在英格蘭、蘇格蘭，與德國的路德會多方應用。此說乃和主耶穌基督為教會元首的基本原則根本抵觸，他們且複不知教會和國家在他們的淵源上，在他們主要目的上，在他們所運用的權力上，乃是不同的，而且各自獨立的，
聖公會認為教會元首主耶穌基督已把治理教會之權交托給高級教士或主教們；他們且為繼承使徒的，主乃任命這些主教，組成一個分開的，獨立的，以及永久存在的教團。在這種製度之下，信徒的團體（coetus fidelium）乃是絕對無權治理教會的。在最初幾個世紀，這乃是羅馬天主教的製度，在英國這派乃和上述的伊拉斯派合在一起。但是聖經並不承認這種分開的高級職員的階級有接立與管轄之權，他們也不代表他們的會眾，也沒有從他們取得職位。聖經清楚指示我們，使徒的職分並非永久的。使徒們雖有顯著不同的，獨立的地位，但是他們特殊的使命，並不是為管製和處理教會的事工。他們的責任，乃為到尚未道化的地方去傳揚福音，建立教會，然后會眾裡面指派人員負起治理教會的使命。在第一世紀結束之前，使徒的職位就完全消失。
羅馬天主教自以為他們不但是使徒的繼承者，而且又為使徒彼得的接任者；彼得乃在使徒中居首位，所以現在他的接任者乃被認為主耶穌基督的代表。羅馬教會乃有一種絕對君主政體的性質，統受無誤的教宗（教皇）的管轄，他乃有權決定和規定教義並治理教會。在教宗之下，乃有各種下層階級和教區，他們僅有普通恩賜（Common grace），他們的責任，乃為治理教會，要向他們的上級和最高首領「教皇」負嚴格的責任。他們的會眾對于教會的治理，乃絕對無權過問。這種學說乃亦抵觸聖經的教訓，聖經並不承認彼得在使徒中居首位，所以天主教在這種基礎上所建立的製度也與聖經不合；聖經乃承認會眾對教會的事工是可加過問的。複次，羅馬天主教認為他們的教會乃是從使徒彼得時候開始一脈相承的不斷的綿延下來的，這乃和客觀的史實並不相符。所以「教皇」製度無論在經義上，在歷史上，乃都是沒有根據，站立不住的。
公理會製度（Congregational System）亦稱獨立製度（the system of independence）。照這種製度，每一個教會或會眾乃是一個完全的教會，乃是彼此獨立的。在這種教會裡面，治理教會之權，乃完全歸于他們的會眾，會眾乃有權處理他們的事工。教會的職員乃僅系地方教會的辦事員。他們乃被指派擔任教導並處理教會的業務。除此以外，他們無權治理教會，他們乃是和其他會友一樣。他們偶爾舉行聯合聖餐，這種團契，乃是為公共的利益，由于教會會議和地方或省區會議表達他們的意見。但是這些聯合會議的作為，乃僅為提供意見，作為參考，對任何教會絕對沒有拘束的力量。這種學說，主張大眾治理教會，使教牧的職分完全依靠會眾，乃當然不合上帝的聖言。複次，他們以為每一個教會和其他每一個教會乃是獨立的，各不相謀的，此乃不能表達，「肢體彼此相顧」（林前一二25），以及基督教會合一的精神，勢將貽各自為謀彼此分離的后果。
這又稱為「柯利迦製」（Collegial System），此乃取代「地方製度」（Territorial System），乃在德國，尤其藉著柏夫氏（C. M. Pfaff， 1686-1780）發展起來。此製以后又推廣到荷蘭。此派認為教會乃是一種自動組合的社團，乃和國家相等。各地的教會乃僅為一個國家教會的一部分。教會原有的權力，乃屬于國家教會。對于各處地方教會乃有管轄之權。這種製度乃和長老會製度，適得其反，照長老會的製度，原有之權乃屬于「主教法庭」（Consistory）。「地方製度」承認國家乃有其固有的權力，可以改革公開敬拜的方式，可以判決關于教義和行為的爭端；也可召開宗教會議。但是「柯利迦製」則僅把監督之權歸屬國家，認為這是其原有的權力；至于其他的權力，則由大家默認，或由一個正式的公約，授與國家，由其在教會行施。這種製度乃完全漠視地方教會自主之權，不顧教會自治和直接向主耶穌基督負責的道理，結果就讓成一種呆板的形式主義，而使屬靈的教會受形式與地域的束縛。這種製度乃頗似「伊拉斯製度」 （Erastian System見上文），而又與現代的極權國家意氣相投﹗