改正宗教會雖不認為他們治理教會的製度，在每一細節上乃都根據上帝的聖言，但卻力主他們的基本原則乃是直接從聖經而來。他們的學說，概可分作五點︰一、基督為教會之首，也是教會一切權威之源。二、主耶穌基督乃用他的聖言，施展他的權威。三、主耶穌基督是君王，把權能賦予教會。四、主耶穌基督賦予教會代表機構施行特種職務的權能。五、教會的權能主要的乃歸地方教會治理會務的團體。茲分論之︰
羅馬天主教會認為此乃最關重要，藉此可以維護「教宗」在教會首領之地位。改正宗教會則反對天主教對他們「教宗」職位的主張，認為只有基督是教會之首。長老會和改正宗教會為著維護基督為元首之地位，乃要向兩面作戰，一方面反對天主教以「教宗」為教會之首，一方面又反對國家至上說，以國家侵占教會之權，要以國家或君王作有形教會之首。這一個戰爭，起自蘇格蘭，以后荷蘭也起而作戰。其作戰神聖之目的，乃是為要建立並維護基督的地位──基督乃是有形教會唯一合法的元首，此乃因為他是教會最高的立法者與君王。他們又承認主耶穌基督乃為無形教會「有機的元首」（Organic head）。華格氏（Walker）論到這些蘇格蘭的學者說︰「他們認為主耶穌基督乃是有組織的有形教會的君王與元首，他用他的訓示、法令、執事和權力，統治他的教會，正像在古時大衛王和所羅門王統治他恩約的子民一樣。」
聖經曉諭我們，基督乃為「萬有之首」︰他是天地萬物的主宰；他不僅是「三位一體」中之第二位的聖子上帝，他又為上帝和人中間唯一的中保（提前二5），他又擁有天上地下所有的權柄（太二八18），他乃「遠超過一切執政的、掌權的、有能的、主治的，和一切有名的；不但是今世的，連來世的也都超過了。又將萬有服在他的腳下，使他為教會作萬有之首。教會是他的身體，是那充滿萬有者所充滿的。」（弗一21－23）他是「那不能看見之神的像，是首生的，在一切被造的以先。因為萬有都是靠他造的，無論是天上的，地上的；能看見的，不能看見的；或是有位的，主治的，執政的，掌權的；一概都是藉著他造的，又是為他造的。他在萬有之先；萬有也靠他而立。他也是教會全體之首；他是元始，是從死裡首先複生的，使他可以在凡事上居首位。」（西一15一18、並參腓二8一11）啟示錄十七章十四節與十九章十六節說︰「他們與羔羊爭戰，羔羊必勝過他們，因為羔羊是萬主之主、萬王之王。同著羔羊的，就是蒙召、被選、有忠心的，也必得勝。」「在他衣服和大腿上有名寫著說︰『萬王之王，萬主之主。』」而從特殊意義上來說，他乃是「教會之首，教會是他的身體。」（參上引弗一22一23）他和教會乃有生命的有機的關系，教會乃充滿了 他的生命，他在靈裡面掌管教會。主耶穌在約翰福音十五章一至八節說︰「我是真葡萄樹，我父是栽培的人。凡屬我不結果子的枝子，他就剪去；凡結果子的，他就修理干淨，使枝子結果子更多。現在你們因我講給你們的道，已經干淨了。你們要常在我裡面，我也常在你們裡面。枝子若不常在葡萄樹上，自己就不能結果子；你們若不常在我裡面，也是這樣……因為離了我，你們就不能作什么。人若不常在我裡面，就像枝子丟在外面枯干，人拾起來，扔在火裡燒了。你們若常在我裡面，我的話也常在你們裡面，凡你們所愿意的，祈求就給你們成就。你們多結果子，我父就因此得榮耀，你們也就是我的門徒了。」以弗所書一章十節，二章十九至二十二節，四章十五至十六節，五章三十節說︰「要照所安排的，在日期滿足的時候，使天上地上一切所有的，都在基督裡面同歸于一」；「這樣，你們……是與聖徒同國，是神家裡的人了；並且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶穌自己為房角石；各房靠他聯絡得合式，漸漸成為主的聖殿。你們也靠他同被建造，成為神藉著聖靈居住的所在。……連于元首基督；全身都靠他聯絡得合式，百節各按各職，照著各體的功用彼此相助，便叫身體漸漸增長，在愛中建立自己」。「因我們是他身上的肢體」。歌羅西 書二章十九節，三章十一節說︰「……全身既然靠著他，筋節得以相助聯絡，就因上帝大得長進」；「……不分希利尼人、猶太人、受割禮的、未受割禮的、化外人、西古提人、為奴的、自主的；唯有基督是包括一切，又往往各人之內。」前千禧年派只是很狹義的認基督為教會之首，而卻否認改正宗所爭辯的要點，基督乃為萬王之王，萬主之主；他乃「遠超過一切執政的、掌權的、有能的、主治的，和一切有名的；不但是今世的，連來世的也都超過了；又將萬有服在他的腳下，使他為教會作萬有之首」；「教會是他的身體，是那充滿萬有者所充滿的。」基督乃是教會之君王，因此乃應被承認是教會唯一最高的權威；不僅因為他和教會有生命的關系，他又是他的立法者和君王。而從有機的與生命的意義上說，他又是無形教會之首，此乃成為他屬靈的身體。當然他又是有形教會之首，這不是僅在有機的意義上，而又因他對教會有統治的權柄。馬太福音十六章十八至十九節說︰「……我要把我的教會建造在這磐石上；陰間的權柄，不能勝過他。我要把天國的鑰匙給你，凡你在地上所捆綁的，在天上也要捆綁；凡你在地上所釋放的，在天上也要釋放。」馬太福音二十三章八、十節說︰「你們不要受拉比的稱呼，因為只有一位是你們的夫子，你們都是弟兄 ；……也不要受師尊的稱呼，因為只有一位是你們的師尊，就是基督。」約翰福音十三章十三節主耶穌說︰「你們稱呼我夫子，稱呼我主，你們說的不錯，我本來是。」哥林多前書十二章五節說︰「職事也有分別，主卻是一位。」以弗所書一章二十至二十三節（見前引），四章四至六、十一至十二節說︰「身體只有一個，聖靈只有一個，正如你們蒙召，同有一個指望。一主，一信、一浸、一神，就是眾人的父，超乎眾人之上，貫乎眾人之中，也住在眾人之內。……他所賜的，有使徒、有先知、有傳福音的、有牧師和教師；為要成全聖徒，各盡其職，建立基督的身體。」五章二十三節說︰「……基督是教會的頭；他又是教會全體的救主。」主耶穌基督「他本來有上帝的形像，卻不堅持自己與神平等（新譯本），反倒虛己，成為人的樣式，既有人的樣式，就自己卑微，存心順服，以至于死，且死在十字架上。所以神將他升為至高，又賜給他那超乎萬名之上的名；叫一切在天上的，地上的，和地底下的，因耶穌的名，無不屈膝，無不口稱耶穌基督為主，使榮耀歸與父神。」（腓二6一11）職是之故，神使他作教會之首，有統治教會之權。他對教會的權威，乃從以下幾點，表現出來。茲分論之︰
1．他建立新約教會──馬太福音十六章十八節（見上文所引），所以教會不是一般人以為乃由人自由組織的社團，只須會友同意，就可成立。此種見解，實屬謬妄。因為主耶穌明明說︰「我要把我的教會建造在這磐石上；陰間的權柄，不能勝過他。」
2．他製定浸禮與聖餐──馬太福音二十八章十九、二十節說︰「耶穌進來，對他們說︰『天上地下所有的權柄都賜給我了。所以你們要去，使萬民作我的門徒，奉父子聖靈的名，給他們施浸。』」（並參可一六15一16）哥林多前書十一章二十三至二十九節說︰「我當日傳給你們的，原是從主領受的，就是主耶穌被賣的那一夜，拿起餅來，祝謝了，就擘開，說︰『這是我的身體，為你們舍的，你們應當如此行，為的是記念我。』飯后，也照樣拿起杯來，說︰『這杯是用我血所立的新約，你們每逢喝的時候，要如此行，為的是記念我。』你們每逢吃這餅，喝這杯，是表明主的死，直等到他來。所以無論何人，不按理吃主的餅，喝主的杯，就是干犯主的身、主的血了。人應當自己省察，然后吃這餅、喝這杯。因為人吃喝，若不分辨是主的身體，就是吃喝自己的罪了。」（並參路二二17一20）這種神聖的事，是沒有人可以有權製定的，因為這是救主舍身流血，用他寶血的重價，救贖的恩功所定的聖禮。
3．他設立教會執事並賜權柄──所以門徒奉主的聖名行事講道，大有能力；馬太福音十章一節、十六章十九節說︰「耶穌叫了十二個門徒來，給他們權柄，能趕逐污鬼，並醫治各樣的病症」；「我要把天國的鑰匙給你，凡你在地上所捆綁的，在天上也要捆綁；凡你在地上所釋放的，在天上也要釋放」。約翰福音二十章二十一至二十三節說︰「耶穌又對他們說︰『愿你們平安。父怎樣差遣了我，我也照樣差遣你們。』說了這話，就向他們吹一口氣，說︰『你們受聖靈。你們赦免誰的罪，誰的罪就赦免了；你們留下誰的罪，誰的罪就留下了。』」以弗所書四章十一至十三節說︰「他所賜的，有使徒、有先知、有傳福音的、有牧師和教師；為要成全聖徒，各盡其職，建立基督的身體，直等到我們眾人在真道上同歸于一，認識神的兒子，得以長大成人，滿有基督長成的身量。」
4．他乃一直親自在教會──當教會舉行崇拜聚會，又藉著執事們行事講論之時，他終是親身在他們中間。因為主耶穌基督是君王，所以他們的言行，都有他的權柄。馬太福音十章四十節說︰「人接待你們，就是接待我；接待我，就是接待那差我來的。」哥林多后書十三章三節說︰「基督在你們身上不是軟弱的；在你們裡面是有大能的。」
主耶穌基督雖為萬王之王，萬主之主，但是他統治的方式，並非完全和世上的君王一樣。他並不施用武力統治他的教會，質言之，他在主觀方面，乃是藉著聖靈在教會裡面施展他的奇工，而在客觀方面則藉著他的話語，作為權威的標準。所有的信徒都應無條件的遵行他的話。主耶穌基督既為教會唯一的最高統治者；他的話也是唯一的有絕對意義的律法。因此一切專製的權力在教會裡乃都是非法的。沒有一個統治權可離開主耶穌基督而獨立。準斯而論，則羅馬「教宗」他自命為主耶穌基督在地上的代表（‘Vicar of Christ’「教皇」），乃用人為的製度廢棄主的話，取代主的地位，實屬大逆不道。他不但把人間的遺傳和上帝的聖言──聖經，等量齊觀，列在同樣平等的地位，尤且僭妄的自稱是無誤的，他可以正確無誤的解釋遺傳和聖經，作為信仰與德行的準則。「聖經與遺傳可作間接的信仰的準則，但教會的教義，因有教宗的無誤（Papal infallibility）作保証，則為直接的準則。」所以「教宗」的話，乃是上帝的話。殊不知主耶穌基督固然藉著他所設立的執事，施展他在教會的權能，但卻絕非把他的權能，轉讓給他的仆人。主耶穌基督歷世歷代統治教會，但他乃施用他所設立的教會機構，施展他的作為。他們治理教會的權能乃是從基督來的，不是絕對的或是獨立的。
于此有一個須加深思而微妙的問題，那就是究竟誰是教會權能最初的真正的主體？主耶穌基督究竟把他的權能最初交付給誰？羅馬天主教和聖公會的答案是︰這乃交付給執事，成為一種特別的階級。和教會普通會友，分別起來，立于一種不同的地位。與此針鋒相對的，則有一種所謂獨立派（Independents），他們認為這種權能乃是賦與教會全體，而執事則僅為全體會友的機構。著名的清教徒神學家歐文氏（Owen）采取此說，僅稍加修正。若干改正宗神學家也贊同此說，但不附和獨立派的主張。還有一種介乎兩派之間的學說，照他們的見解，教會的權能乃由主耶穌基督賦與教會全體，此乃賦與一般會友和執事；惟除此以外，執事為著要施行他們的職務，需要加給他們某種程度的職權，俾能勝任他們的事工。前輩神學家常常說︰「教會基本的權能（in actu prima）乃賦與教會全體；但是施行職務之權（in acto secumdo），則賦與那受特殊呼召之人。」代表此說者，乃有伏丟斯（Voetius）、彭耐曼（Bannnerman）、博都斯（Porteous）、巴文克（Bavinck）和季萊士比（Gillespie）等氏。
基督雖把權能賦與教會全體，但是對于教會代表機構，為著維護教會的教義，舉行崇拜聚會以及施行教會紀律，又給他們特種的權能。這些代表和執事，乃由教會會眾推選。但是這並非說︰他們的權能乃由會眾而來，因為此乃僅僅証實，主親自對他們內在的呼召；這些執事乃是從主得到他們的權能，乃須對主負責。所以他們並非會眾的代表或工具，更非為著實現會眾的愿望，要在在仰承會眾意旨；而乃負有神聖的使命，要領悟主的心意，把他的律法作明智的實施。但同時他們又須知道，主既把他的權能賦與教會全體，則凡在遇到重大問題的時候，他們也不可獨斷獨行，而須虛心商討獲得會眾的贊同。
此乃改正宗和長老會治理教會一個主要的教義。教會的權能並非首先屬于最高宗教會議，然后以之賦予地方教會；教會的權能原來就屬于地方教會會議和長老法庭，實在並非導源于最高宗教會議。改正宗製度乃尊重地方教會的自治權，保証他們有全權由他們執事治理他們的會務。同時地方教會又有權利與義務，在同一個信仰的基礎和適當的條款上，為著教義裁判以及行政的目的，和別的教會聯合起來，成為一個更大的組織。這一個更大的組織固然會使地方教會的自治權受到某種程度的約束；但在另一方面，卻又可增進他們的福利，結果乃是使他們得益；並保証他們會友的權利，大家同心協力，共謀教會之合一。