從每一個教會會友以及整個教會和主耶穌直接的關系來說，主耶穌基督乃是教會的元首（弗一22）和立法者，教會的治理，從其權威的淵源而論，主耶穌基督乃是萬王之王，萬主之主，則教會治理的性質，很顯然乃是君主的。
但從另一方面來說，因聖靈光照啟發每一教會會友，使整個教會如同一個身體，大家同心審辯，必然會得到同一個正確的結論。這聖靈的工作乃以聖經教會合一的訓諭為根基。基督雖為教會唯一的君王，但是在他的身體（教會）執行他的旨意的時候，乃是絕對民主的。整個教會的會友，乃是他的身體，大家乃有共同的責任，要同心協力實施主耶穌藉著他的話所表達出來的律法。
教會乃是永生上帝的家，是「真理的柱石和根基。」（參提前三15）由于教會和主耶穌基督和他的真理的關系，則每一教會的會友理當堅決主張有權鑒定聖經的真義；易言之，絕對的君主，還需要絕對的民主，方能相得益彰。魏蘭校長（Wayland）說︰「沒有個別的基督徒或若干個別的基督徒；也沒有個別的教會或若干個別的教會有固有的權柄或權能高過或管製整個的教會。誰也不能把主耶穌基督的律法加以增刪；或是用他直接的或絕對的統治權，轄製其臣民的心志和生命。」每一個會友既是彼此平等的，在整個教會表決的時候，都可自由投票，多數人不能用任何行動支配他，使他違反他對基督責任所有的確信。
約翰柯頓（John Cotton）說︰「教會無上的統治權，乃歸基督；教會的庶務和管理則屬教會本身。」《劍橋論壇報》說︰「從基督的觀點說︰『教會的治理乃是君主的，從教會的弟兄關系說，則教會乃是民主的。』」可惜該報論到長老會和長老的職權，他們以為是「寡頭政治」（Aristocracy），則非確當。
斯賓賽（Herbert Spencer）和約翰密勒（John Stuart Mill）在哲學上有不同的見解，有一次開會彼此論辯。以后斯賓賽因為沒有經費，宣告他所應許出版的關于他科學哲學的著作，只好停止出版。密勒聽到這個消息，立刻寫信給他說，他對其著作，在若干點上雖不能完全贊同；但對他的研究工作，認為乃有裨真理的發展，因此他深愿資助所需出版的費用。此乃哲學界人士給我們神學界人士一個佳范，我們應加效法。所有聖徒應當彼此敬愛。我們對于主耶穌基督所曉諭我們真理的道固然應當堅信勿渝，謹守遵行；但是對于他人亦應尊重其自我抉擇之權。
「耶穌會」的創辦人羅耀拉（Loyola）為每一個新入教的人（Neophyte）掘一個墳墓，把他埋在裡面，只有頭露在外面，問他說︰「你死了沒有？」當那人回答說︰「是的。」他就再說︰「起來，來侍奉我，因為我只要死人侍奉我。」但是主耶穌乃適得其反，他只要活人事奉他，他要使人得生命，並且得的更豐富（參約一○10）。「救世軍」也違反唯獨歸順基督的原則，乃像耶穌會一樣，使個人的良知受製于人，乃不合民主的精神。
教會治理民主的性質，乃有很多的例証，從聖經來看，乃可分作五種︰
1．從教會全體在言行上維持教會的合一說──羅馬書十二章十六節說︰「要彼此同心，不要志氣高大，倒要俯就卑微的人，不要自以為聰明。」哥林多前書一章十節說︰「……我藉我們主耶穌基督的名勸你們都說一樣的話。你們中間也不可分黨，只要一心一意，彼此相合。」哥林多后書十三章十一節，「……要同心合意；要彼此和睦。如此仁愛和平的神必常與你們同在。」以弗所書四章三節，「用和平彼此聯絡，竭力保守聖靈所賜合而為一的心。」腓立比書一章二十七節，「只要你們行事為人與基督的福音相稱……同有一個心志，站立得穩，為所信的福音齊心努力。」彼得前書三章八節，「你們都要同心，彼此體恤，相愛如弟兄，存慈憐謙卑的心。」
這些對教會合一勸勉的話，並不是要消極的順服，好像在教階組織（hierarchy）製度之下那樣，也非如耶穌會的會員，要完全奴服；這些乃是勸勉大家彼此合作，協力同心。每一會友乃由聖靈引導，要想到其他會友；也由聖靈引導，彼此陳述意見，只是互相參比，最后的結論，要合乎上帝的旨意。勸勉合一，乃是要勸大家開誠布公，謙卑柔和，對于討論的事，要捐棄成見，尊重公意，擇善如流，從而得到新的亮光。古語雲，「集思廣益」，「聞善言則拜」，基督聖徒，更應有容人之雅量。教會僅用道義的勸告，獲得全體的贊同，以及教會的合一。但是倘有黯惡不良之徒存心破壞，則亦不能徇情妥協，應照教會規律，處以結黨紛爭之罪。
一個情誼融洽真誠合一的教會，乃是聖靈在聖徒心中動了善工的結果。新約教會的順利治理乃須有聖靈住在所有信徒的心中。浸信會實有很好的體製。主耶穌基督不容沒有重生得救的人作教會會友，更不容撒但得著聖徒。他說︰「我要把我的教會建造在這磐石上；陰間的權柄，不能勝過他。」（參太一六章18）一個教會如果沒有主耶穌基督住在裡面，必起紛爭傾軋，卒歸瓦解；一個已經離開聖靈的教會，僅事勉強維系外表的合一，非僅無益，且反將有礙聖道之發展。正如海水起了高潮，一切在海邊的小池，都要融合在洪流之中。同樣的道理，基督之靈之大能所起的洪流，所造成的合一，乃遠勝任何虛有其表的外在的合一。在歷史上，于黑耳特勃蘭特（Hildebrand）之下的大聯合運動，乃僅虛張聲勢，實為教會道德最敗壞的時期。當教會紛爭之時，其救治之方，並非在改變教會的組織，而乃為教會的複興。回顧初期教會，並無外表上共通的聯合統治機構，但是他們彼此積極勸勉，情如手足的，「肢體彼此相顧」（林前一二25）的交契，實真能促進教會的合一。他們殷勤款待，旅行布道，使徒的書信，以及四福音書，都足推進合一；甚至異端，也可因此淘汰不良分子，以及結黨紛爭的敗類，反而助長教會的合一，使「萬事都互相效力」（羅八28）。
霍爾德氏（Dr. F. J．A. Hort）在其所著《基督教會論》一書中說︰「在以弗所書裡面，沒有一個字講到一個教會（ecclesia）乃是由『許多教會』（ecclesiae）構成的。……構成教會的會友，並非群體，乃為個人。……普世教會的合一，乃是神學與聖道的真理，但並不是我們所稱的教會體製的事實。……教會（ecclesiae），就是會友的總體，乃為主要的團體，甚至是主要的權威之所在。教會裡也沒有那種體製把教會職員的地位高過長老，也沒有像以后聖公會那種的體製。保羅也把暫時的職務付托提摩太和提多。」巴脫萊德氏（Barteett）說︰保羅在提摩太所組織的團體展開工作之時，則讓提摩太與提多自行治理他們的教會，但沒有主教職務永久的任期，由他一個人統轄「許多教會」（ecclesiae）
2. 從教會全體維護純正教義與行為的責任說──提摩太前書三章十五節說︰「……你也可以知道在神的家中當怎樣行；這家就是永生神的教會，真理的柱石和根基。」猶大書三節說︰「……勸你們，要為從前一次交付聖徒的真道，竭力的爭辯。」啟示錄二、三章，其中寫給亞洲七教會的書信，乃都是勸勉要大家維護純正的教義與行為。在其中所有的經文，所作的訓諭，並不是主教對其從屬的祭司，而乃為使徒對教會全體及其所有的會友所講的。
上文所提的霍爾德氏（Dr. Hort）把提摩太前書三章十五節︰「真理的柱石和根基」改譯為「一個真理的柱石和根基」，這乃顯然是指眾教會裡一個地方的教會而言。以弗所書三章十七、十八節說︰「使基督因你們的信，住在你們心裡，叫你們的愛心，有根有基，能以和眾聖徒一同明白基督的愛，是何等長闊高深。」華頓氏（Edith Wharton）說︰「真理可從多方面來說︰一個人所沒有講到的，須待另一人補充。」語雲︰「掛一漏萬」，「集思廣益」；真理不能一概而論，尤不可固執成見。
3．從製定聖禮吩咐教會全體謹守遵行說一一正如教會用教義闡明真理，她也用聖禮作象征來表達真理。馬太福音二十八章十九至二十節，主耶穌在複活以后，升天之前，吩咐門徒說︰「你們要去，使萬民作我的門徒，奉父子聖靈的名，給他們施浸。」路加福音二十四章三十三至三十五節︰「他們就立時起身，回耶路撒冷去，正遇見十一個使徒和他們的同人，聚集在一處，說︰『主果然複活，已經現給西門看了。』兩個人就把路上所遇見，和擘餅的時候怎樣被他們認出來的事，都述說了一遍。」使徒行傳一章十五節︰「那時，有許多人聚會，約有一百二十名……。」哥林多前書十五章六節︰「后來（主耶穌基督）一時顯給五百多弟兄看，其中一大半到如今還在……。」這些經文，乃曉諭我們，主耶穌基督製定聖禮，並非單單限于十一個使徒。
哥林多前書十一章二節保羅說︰「我稱贊你們，因你們凡事記念我，又堅守我所傳給你們的。」接著就于二十三至二十六節，講施行聖餐，「我當日傳給你們的，原是從主領受的，就是主耶穌被賣的那一夜，拿起餅來，祝謝了，就擘開，說︰『這是我的身體，為你們舍的，你們應當如此行，為的是記念我。』飯后，也照樣拿起杯來，說︰『這杯是用我的血所立的新約，你們每逢喝的時候，要如此行，為的是記念我。』你們每逢吃這餅，喝這杯，是表明主的死，直等到他來。」──保羅在這裡舉行聖餐，吩咐遵行，並非對少數的職員，而乃對教會全體。所以浸禮和聖餐，不能由教牧個人自由決定，隨意施行。教牧乃僅為教會的「機構」；這種神聖的禮，絕不可任令他們任意處理。
4．從教會全體揀選職員與代表說──使徒行傳一章二十三至二十六節說︰「于是選舉兩個人，就是那叫作巴撒巴，又稱呼猶士都的約瑟，和馬提亞。眾人就禱告說︰『主阿，你知道萬人的心，求你從這兩個人中，指明你所揀選的是誰，叫他得這使徒的位分。這位分猶大已經丟棄，往自己的地方去了。』于是眾人為他們搖簽，搖出馬提亞來；他就和十一個使徒同列。」使徒行傳六章三至六節說︰「『所以弟兄們，當從你們中間選出七個有好名聲，被聖靈充滿，智慧充足的人，我們就派他們管理這事。但我們要專心以祈禱傳道為事。』大眾都喜悅這話，就揀選了司提反，乃是大有信心、聖靈充滿的人；又揀選腓利、伯羅哥羅、尼迦挪、提門、巴米拿，並進猶太教的安提阿人尼哥拉，叫他們站在使徒面前。使徒禱告了，就按手在他們頭上。」──叫他們作執事。使徒行傳十三章二至三節說︰「他們事奉主，禁食的時候，聖靈說︰『要為我分派巴拿巴和掃羅，去作我召他們所作的工。』于是禁食禱告，按手在他們頭上，就打發他們去了。」
使徒行傳十五章二至四、二十二至三十一節說︰「保羅、巴拿巴與他們大大的分爭辯論；眾門徒就定規，叫保羅、巴拿巴和本會中幾個人，為所辯論的，上耶路撒冷去見使徒和長老。……到了耶路撒冷，教會和使徒並長老都接待他們，他們就述說神同他們所行的一切事。……那時，使徒和長老並全教會定意從他們中間揀選人，差他們和保羅、巴拿巴同往安提阿去；所揀選的，就是稱呼巴撒巴的猶大和西拉。這兩個人在弟兄中是作首領的……這二人是為我主耶穌基督的名不顧性命的。……他們既奉了差遣，就下安提阿去，聚集眾人，交付書信。眾人念了，因為信上安慰的話就歡喜了。」哥林多后書八章十八至十九節說︰「我們還打發一位兄弟和他同去，這人在福音上得了眾教會的稱贊；不但這樣，他也被眾教會挑選，和我們同行，把所托與我們的這捐資送到了，可以榮耀主，又表明我們樂意的心。」使徒行傳十四章二十三節說︰「二人在各教會中選立了長老，又禁食禱告，就把他們交托所信的主。」──這裡使徒們宣告教會之所揀選的人，乃似大學校長授與學位，──就是宣布董事會所決議的學位一樣。
當安提阿教會差遣代表到耶路撒冷去，他們寫信給耶路撒冷，只是這樣說︰「使徒和作長老的弟兄們問安提阿、叔利亞、基利家外邦眾弟兄的安。」（徒一五23）十二使徒們只有屬靈的權能。他們可以勸勉，但是他們並不命令。他們只有講真理之道，方能使聽的人，心悅誠服，從而使他們遵從。易言之，這不是他們命令，而乃為他們的主命令。
哈該德氏（Haekett）在他所著的《聖經注釋》中說︰「選立不是強迫的。這可能是一種照通常所舉行的大家投票方式，意見一致的選派。此詞所指乃含有用舉手的方式選定與指定的意思。」梅耶氏（Meyer）說︰「教會的職員是選任的，如使徒行傳六章二至六節說︰『十二使徒叫眾門徒來，對他們說︰「我們撇下神的道去管理飯食，原是不合宜的。所以弟兄們，當從你們中間選出七個有好名聲，被聖靈充滿，智慧充足的人，我們就派他們管理這事。但我們要專心以祈禱傳道為事。」大眾都喜悅這話，就揀選了司提反，乃是大有信心、聖靈充滿的人；又揀選腓利、伯羅哥羅、尼迦挪、提門、巴米拿，並……尼哥拉，叫他們站在使徒面前。使徒禱告了，就按手在他們頭上。』這裡『揀選』或『選立』一詞，從語源學而言，非任命或封立，乃為承認他們天賦之才；這不是他們職位的根據，也非他們權柄的淵源，無非乃為他們才能成為他們在教會實際的職位。」
彭加敦氏（Baumgarten）也說︰「他們──兩位使徒──也主張長老由投票公舉。」亞力山大（Alex-ander）說︰「選立的方式，一詞的意義，乃和使徒行傳六章五至六節所說的一樣，先由會眾揀選七個好名聲的，然后由十二使徒按立。」巴恩斯氏（Barnes）說︰「當會眾選舉之時，使徒們乃主持會議──其選舉的方式乃和人民尋常投票選舉一樣。」提多書一章五節也說︰「……照我所吩咐你的，在各城設立長老。」
5. 從教會全體執行紀律的權能說──聖經裡面有很多經文曉諭我們，教會全體乃有權開除會友，也有權接納會友。馬太福音十八章十七至十八節說︰「若是不聽他們，就告訴教會；若是不聽教會，就看他像外邦人和稅吏一樣。我實在告訴你們，凡你們在地上所捆綁的，在天上也要捆綁；凡你們在地上所釋放的，在天上也要釋放。」從十八章十七節來看，可知權威乃是在教會，且有最后裁定之權。但是倘使教會的決定有誤，則受冤屈的人，可向教會全體信徒申訴。例如民數記十五章三十五節說︰「耶和華吩咐摩西說︰『總要把那人治死，全會眾要在營外用石頭把他打死。』」可見紀律乃由全會眾執行，乃是民主的。哥林多前書五章四、五、十三節說︰「……你們聚會的時候，……奉我們主耶穌的名，並用我們主耶穌的權能，要把這樣的人交給撒但，敗壞他的肉體，使他的靈魂在主耶穌的日子可以得救。……你們應當把那惡人從你們中間趕出去。」哥林多后書二章六至七節說︰「這樣的人受了眾人的責罰，也就夠了；倒不如赦免他，安慰他，免得他憂愁太過，甚至沉淪了。」七章十至十一節說︰「……因為依著神的意思憂愁，就生出沒有后悔的懊悔來，以致得救；……從此就生出何等的殷勤、自訴、自恨、恐懼、想念、熱心、責罰；在這一切事上，你 們都表明自己是潔淨的。」帖撒羅尼迦后書三章六、十四、十五節說︰「我們奉主耶穌基督的名吩咐你們，凡有弟兄不按規矩而行，不遵守從我們所受的教訓，就當遠離他。……若有人不聽從我們這信上的話，要記下他，不和他交往，叫他自覺羞愧；但不要以他為仇人，要勸他如弟兄。」在哥林多教會，所有的過犯邪惡，因為是在一個民主方式的團體裡面，所以會得蒙赦免，不把他們當仇人，乃勸他們如弟兄，以致生出沒有后悔的悔悟，以致得救；保羅並不徒事使用權威，吩咐改革教會的體製，而乃用民主勸導的方式，使他們心悅誠服，革面洗心，成為新造的人。
教會裡面的教導工作，對于全教會選舉教牧與執事，揀選教會的代表，接受會友，開除會友，處理財務，推進一般教會行政工作，展開宣道事工，籌募捐獻以及維護純正教義與行為的準則，實有非常重大的影響，乃不容漠視。教會的會眾對于那聲請加入教會的人，可能比牧師與長老認識更為清楚。如果把全部治理教會的工作，放在少數人的手中，就要妨礙全體會眾對教會事工的實習與長進。所以牧師的責任，應當發展教會的自治。差遣宣教士不是命令的，乃是勸導的。一個成功的教牧，乃要使教會全體都能推動。教牧成功的考驗與証明，並非在他教會之時，而須視其離開教會以后。易言之，要看其會友是追隨「他」，抑或是跟從「主」；究竟其會友是被動地依靠他，抑或能夠獨特主動，推進教會的事工。
「牧師」（Minister）一詞，不是「主人」（Master），乃為仆人；非為「役人」，乃要「役于人」。真正的牧師乃要「感召」（inspire），而不「強迫」（drive）；要「以德服人」，使人心悅誠服，而非「以力服人」，使人「口服心不服」。一個基督徒在教會裡面，在賢良牧師教導之下；（1）應知其作教友的特惠；（2）應各盡所長，善用其特惠；（3）應就會友的身分，施展所得之權利；（4）應榮耀新約教會治理的製度，加以維護並加傳揚。
一個良牧，其真正牧會之道，應當隱藏他自己，推動其會友，施展他的作為；以「無為而治」，達到「無為而無不為」的成果。倘使據高臨下，管轄統治，顯其聲威，則遲早必失去他的勢力，而教會的事工也必日趨衰落。台克斯德氏（Dexter）認為公理會主義乃為最優良的教會治理的體製。他又引貝利喬氏（Belcher）所著《美國教會宗派》一書中的話說，「傑弗遜（Jefferson）總統認為，浸信教會治理的體製乃為世界上最純正的民主主義的體製，也可成為美國政府最優良的計劃。此乃為美國革命前八年或十年之事。」費斯克氏（John Fiske）說︰「一個根據加爾文主義神學的教會，乃不容有高級教士製度（Prelacy）的存在」。
關于治理教會，乃有兩種謬見︰一為世界教會說，二為國家教會說，茲分論之︰
1．世界教會說（The World Church Theory）──此說乃為羅馬天主教的見解。他們說，所有地方教會都應服從羅馬主教，他乃是使徒彼得的繼承者，乃為主耶穌基督的代理人，他乃是無誤的，他把普天下的教會聯合起來，構成一個唯一的基督教會，其說之謬，可分六點來說︰
其一──主耶穌基督從未賜給彼得這種最高的權威。馬太福音十六章十八至十九節僅僅是指彼得乃為最初信仰基督，以及向猶太人和外邦人傳揚基督福音之人。所以其他使徒也和彼得有同等的地位。以弗所書二章十九至二十二節說︰「這樣，你們不再作外人和客旅，是與聖徒同國，是神家裡的人了；並且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶穌自己為房角石；各房靠他聯絡得合式，漸漸成為主的聖殿。你們也靠他同被建造，成為神藉著聖靈居住的所在。」啟示錄二十一章十四節說︰「城牆有十二根基，根基上有羔羊十二使徒的名字。」（並非僅有彼得一人之名）從使徒行傳十五章七至三十節來看，彼得和雅各都起來向會眾說話，可証他們的地位，乃無分軒輊。再從加拉太書二章十一至十五節來看，彼得因有可貴之處，且被保羅當面反對。彼得前書五章一節，彼得自稱他自己乃是「同作長老的人」，益可証明彼得並無特殊的地位，顯見天主教所見之不當。
照馬太福音十六章十八至十九節所講，彼得乃是首先運用天國的鑰匙，向猶太人和外邦人傳揚福音的人。所謂「磐石」，無非乃為彼得信仰主耶穌基督之心。彼得信仰之表白，就成為建造教會的磐石。柏隆德氏（Plumptre）在其所著《彼得書信》一書中說︰「他（彼得）乃是一塊石頭，乃和其他與磐石在一起的石頭聯合起來，成為一個不能分離合一體。」
一個使徒乃需具備三種條件︰（1）他必親見主耶穌的複活，俾可見証主耶穌基督已從死裡複活；（2）他必能行神跡，以証他是主耶穌基督的使者（參可一六20）；（3）他必宣講基督的真理，使他所說的，完全是上帝的話語。羅馬書十六章七節，保羅說︰「又問我親屬與我一同坐監的安多尼古和猶尼亞安，他們在使徒中是有名望的，也是比我先在基督裡。」這些乃是被使徒或在使徒中被敬重之人。使徒行傳十三章二至三節說︰「他們事奉主，禁食的時候，聖靈說︰『要為我分派巴拿巴和掃羅，去作我召他們所作的工。』于是禁食禱告，按手在他們頭上，就打發他們去了。」希伯來書三章一節說︰「同蒙天召的聖潔弟兄阿，你們應當思想我們所認為使者、為大祭司的耶穌；」基上所論，彼得並無確據，曾被主耶穌基督賜給他像天主教所說之最高的權威。此乃可証天主教所見之謬誤。
其二──倘使彼得有此最高的權威，也未見他把這種最高權威留傳給他或羅馬教宗的確証。
費曉氏（Fisher）在他所著的《教會史》中說︰「渥肯的威廉氏（William of Occam， 1300-1349）曾有論教宗的手著。威氏乃超越前人，為道爭辯，他說教會既在基督裡合一，那就不必遵服大主教個人，受他的管轄。……關于信仰問題，威氏甚至不認為教會聯合大會是無誤的。只有聖經以及普世教會共有的信仰，才有其真實性。」羅興博禧氏（W. Rauschenbusch）說︰「真正教會的特征，乃為充滿聖靈的大能對主耶穌的忠心，超乎俗世的德行，尋找拯救失喪之人，自我犧牲，與自我受苦（Self-Crucifixion）。」
羅馬天主教認為他們傳授的，乃是無誤的。教宗是無誤的︰（1）在他以教宗的身分講論的時候；（2）在他為全教會發言的時候；（3）在他闡明教義或作最后裁判的時候；（4）在他就信仰與德行的范圍闡明教義的時候，乃都是無誤的。但是照曉曼氏（Schurman）在他所著的《信仰上帝》一書中所說︰「即使承認教宗占有首位，但仍有許多証據，指出教宗並非無誤。在六四九年萊脫侖會議（Council of Lateran）中，洪諾理教宗（Pope Honorius）和馬丁第一教宗（Pope Martin I）彼此爭辯，一方認為無誤，對方卻認為有誤，顯見兩者不能無誤。教宗只要有一個錯誤，即可宣告教宗無誤論的死刑。」何況教宗既自相攻擊，豈非等于自己承認教宗並非無誤。
馬丁諾氏（Martineau）在其所著《權威之中心》一書中用許多例証，舉出教宗前后不符，自相矛盾之處；而羅馬天主教信條對于真正教會的四個特征︰（1）教會的合一性；（2）教會的神聖性；（3）教會的普世性；（4）使徒傳統性（Apostolicity），每一點都不能加以解答。史丹萊副主教（Dean Stanley）有一次嘗和比伍斯第九教宗（Pope Pius IX）談話，退而告人說，我和這位「無誤之人」僅僅談了二十分鐘，他犯的大誤，乃比我與任何人談話時為更多。費龐氏（Dr. Fainbairn）用譏諷式的話闡澤「教宗無誤論」說︰「所為無誤，實乃無能，明明有誤，卻是不能找出來。」羅馬教宗不能追溯他從使徒彼得的血統；正如亞力山大不能追溯他從古羅馬主神的血統一樣。
其三──彼得曾在羅馬，並沒有明確的証據，更沒有他曾作羅馬主教的証據。
羅馬的革利免（Clement）曾講到彼得是一個殉道者，但是他並未明言羅馬是彼得殉道的地方。照一般傳說，彼得曾在羅馬布道，並且曾在羅馬建立一個教會。但是萊伯修教授（Prof．Lepsius）經過詳細的研究考察以后，得到的結論，甚至謂彼得未到過意大利。
霍治氏（A. A. Hodge）認為︰所謂（1）彼得曾為大主教；（2）彼得曾作羅馬的主教；（3）彼得曾為羅馬的大主教，乃為三個未經証實的假設。羅馬書十五章二十節，保羅說︰「我立了志向，不在基督的名被稱過的地方傳福音，免得建造在別人的根基上。」（並參徒一九21；林后一○16）因為保羅不愿在別人的根基上建造，所以彼得可能在保羅從以弗所寫信到羅馬的時候，未曾在羅馬工作。梅耶氏（Meyer）雖認為彼得曾在羅馬殉道，但是他卻沒有在羅馬找到他所建的教會，也不知該教會的原址。照梅耶之見，保羅所寫的羅馬書，乃足以敗壞羅馬教宗權位的根基，則彼得絕無以其權威留傳給羅馬教宗的可能。
其四──彼得曾經指派羅馬主教們作他的繼承人，也沒有明証。
高敦氏（Dr．A. J． Gordon）在其所著的《聖靈的使命》一書中說︰「聖靈乃為真正的『基督的代理』（“Vicar of Christ”羅馬教宗，以此自稱，實屬僭妄）。現在大叛道的暗影籠罩了三分之二有名無實的教會，其禍根所在，乃為教會漠視聖靈，結果仆人喧賓奪主，自作家宰；越俎代謀，侵犯家宰的特權。其結果就要使教會元首（主耶穌基督），被另一人取而代之，起而統治教會，肆無忌憚，自稱是基督的代理。」
浸信會成功的原因，乃在把真理放在合一之先，庶不致削足適履，妨害真理。雅各書三章十七節說︰「唯獨從上頭來的智慧，先是清潔，后是和平，溫良柔順，滿有憐憫，多結善果，沒有偏見，沒有假冒。」真正的合一，不是外在的，乃是內在的；若僅騖虛表，則有名無實。教士們巧妙的手段，不能引領人到天國，也不能使他成為主耶穌基督忠實的良牧。西歐法蘭克族（Frank日耳曼民族的一支）的全族歸主運動，耶穌會以服從取代生命，把教會與國家視為一體，凡此都不是正當傳揚基督聖道之方法。羅馬天主教徒藉彼得之名，求外在的合一，且他們的宣稱，需要確切的無可反駁的確証，始能為人接受；但是無論在聖經上在歷史上，都沒有正當的理由與根據，可以令人相信彼得曾經指派羅馬主教們作他的繼承人。
其五──倘使彼得果真曾經指派羅馬主教們；但又沒有從何時開始繼續繼承的確據。
台克斯德（Dexter）在他所著的《公理會主義》一書中說，倘使所有的天主教徒都到美國來，那就有一千八百萬，但事實上，只有八百萬。這乃因為美國的民主主義，使他們脫離了神父的控製，這不是剝奪他們，乃為救他們解脫與變質教會的關系；更使他們和新約教會接觸，發生關系，從而因信主耶穌基督，而得到救恩。一位向來竭力鼓吹天主教的莫勒氏（Mohler）以后自承其誤，以是宣稱，改教以前那些教宗，「都已被陰間吞滅了」。
其六──一個教職階級製的教會。其治理教會的方式，不但敗壞教會，且又不能榮耀基督。
高敦氏在其《聖靈的使命》一書中說︰「天主教作者認為教宗──『基督的代理』乃為聖靈唯一的喉舌。但是聖靈乃是賜給整個教會的，此乃賜給每一位重生得救的信徒，按著程度，賜給教會每一個肢體。祭司製度（Sacerdotalism）的罪，乃在少數人霸占並僭取屬于基督奧秘身體（教會）每一肢體的地位與權能。他們藉著之名，濫用職權，不遵聖經的教訓，不照上帝的旨意，牧養神的群羊，照管他們；不是出于勉強，乃是出于甘心；也不是因為貪財，乃是出于樂意；也不是轄製所托付（他們）的，乃是作群羊的榜樣。（參彼前五2－3）卻是仗著教宗和主教們的命令，轄製主耶穌基督的群羊……。殊不知各種委員會和教會多數的會眾，也可勝任教宗和主教的工作……。這乃是許多金燈台的光息滅的原因……。身體雖是存在，卻是沒有氣息。雖生猶死，名存實亡。須知只有聖靈乃為唯一的主宰。」
梅勒維氏（Melville）說︰「倘你和教宗和好，把他供奉在你的房間裡面，又把他種在你的心田裡面。但是你要確信在你上面，乃有一個天，還有一個上帝，那你所敬奉而歸順的教宗，就要被至聖者所厭惡而撤職；而那自高自大，自稱在萬王之上的，攝取上帝特權的，也要遭同樣的厄運﹗」
2．國家教會說（The National Church Theory）──此乃關于治理教會第二種謬見。他們認為任何一省或一國教會的會友，乃都結合在一個團體裡面。而這個團體對于地方教會乃有管轄之權。此說之謬，可分五點來說︰
其一──此說乃毫無聖經的根據。一詞在新約裡面，絕無國家教會的意義。林前一二28 ；腓三6；提前三15，各節經文所講的，乃指一般的教會（Generic Church）而言。在使徒行傳九章三十一節，一詞乃為對各處教會一般化的說法，並未講到其組織。
哥林多前書十二章二十八節說︰「神在教會所設立的︰第一是使徒；第二是先知；第三是教師；其次是行異能的；再次是得恩賜醫病的；幫助人的；治理事的；說方言的。」提摩太前書三章十五節說︰「……你也可以知道在神的家中當怎樣行；這家就是永生神的教會，真理的柱石和根基」；使徒行傳九章三十一節︰「那時猶太、加利利、撒瑪利亞，各處的教會都得平安，被建立。」都非國家教會的例証。
其二──新約教會彼此交往聚會，（例如使徒行傳十五章一至三十五節，在耶路撒冷聚會商議）乃是以獨立的地位。此可見國家教會說，乃抵觸聖經。
麥祺弗氏（McGiffert）在其所著《使徒教會》一書中說︰教會組織的發展，乃分幾個階段。使徒的教訓，乃為基督聖道唯一的基準與規范，十二使徒在耶路撒冷教會只有純粹屬靈的權威。他們可以勸勉，但是他們並不命令或管製。所以他們並不把權威傳授給他人，他們自己也沒有絕對的權威。
其三──此說拘泥形式，釀成分裂，結果消滅自治的精神，以及對主耶穌基督應負的直接責任。
魯秉生氏（E. G. Robinson）說︰英國國教的分立，乃最富宗派的精神。在第二世紀以前，沒有一個宗教會議宣稱他們有權威，直到第三或第四世紀，沒有教會放棄他們獨立的地位。賴德福氏（Lightfoot）在他所著的《腓立比書注釋》中說︰在伊格那修（Ignatius）時候，主教乃僅被視為合一的中心；在愛任紐（Irenaeus）時候，主教乃被視為最初真理的寶庫；在居普良（Cyprian）時候，主教乃被視為主耶穌基督屬靈之事的代理人。在教父時代，我們看到教會有一種最清楚的現象，就是教會體製的日趨退化。所以亞力山大（Archibald Alexander）說︰「我們最好為『教父』換一個新名，稱他們為『教嬰』（Church babies），因為他們的神學是很幼稚的」。馬丁路德也說︰「不要聽文士的話，要聽聖經──上帝的話」。
其四──把一個稱為屬靈的教會，受形式與地域的捆綁，乃是自相矛盾，理不可通的。
高敦氏又在他所著《聖靈的使命》一書中說︰「在啟示錄裡，有七個燈台，但在舊約裡面，會幕裡的燈台只有一個，我們由此可知，在猶太人時代，上帝有形的教會只有一個；而在外邦人時代，乃有許多有形的教會。」慕爾主教（Moule）在他講「在聖靈裡合一」之后說，當這些道理大為傳揚以后，內裡的合一，能夠產生極大的果效。可見一個真正屬靈的教會是不受形式與地域之限製捆綁的。
其五──國家教會說的結果，必然導致天主教義。倘使兩個教會需要一個更高的權威管轄他們和解決他們的爭端，就必有在一位有形的元首之下，一個共同的教會統卸機構──那就是世界教會，就是羅馬天主教。
哈契氏（Hatch）在他講初期教會組織的時候，不先從新約聖經的明証，就開始講使徒以后教會組織的發展，好像原始的主教製度在使徒以后很快就建立起來，以為即可証其為合法的而且必須遵從的。于此我們須問，我們對于這種順利發展的製度，是否必有道德上遵從的義務呢？倘若必遵，則我們對于那些最后在基順河邊被以利亞所殺的巴力假先知，因他們當初盛極一時，難道這就必對他們順從嗎？（參王上一八25一40）這顯然可以反証哈契之說的無當。
人類的本性每易用外在組織的合一代替基督信徒靈性的合一。主耶穌基督的真理與聖靈乃力足掌管所有信徒如同一人一樣，那就無需公共的統轄。浸信會並沒有外在組合的羈絆，卻在教義上，比那些采取主教製度或省區組織的教會能維持更大的合一，而且更合于新約的標準。約翰福音十章十六節，主耶穌說︰「他們……要合成一群，歸一個牧人了」。這不是一個羊欄，外在的合一；而乃為一群，在許多羊欄裡面。華德萊主教（Archbishop Whately）說︰「我們從啟示錄二十二章二節的生命樹，得到基督徒真正合一的象征，在河這邊和那邊有生命樹，結十二樣果子，每月都結果子；樹上的葉子乃為醫治萬民。」唯有這種合一，始能繁茂結實，造福萬邦。