改正宗教會治理的特征乃為一種「教會會議」（ecclesiastical assemblies）製度。他們有「主教法庭」（Consistory，Session），有「長老監督會」 （Classis），有「宗教會議」（Synod），有時還有聯合大會。「長老法庭」乃包含牧師（或幾位牧師）和地方教會的長老們。「長老監督會」則為某地區的教會，由每教會推一位牧師和一位長老所組成。長老會與改正宗教會乃稍有不同。他們的「教務評議會」 （Presbytery），乃由其所轄地區之內所有的教牧以及每一教會各一位長老所組成。「宗教會議」乃由每一「長老監督會」或每一「教務評議會」同等數目的教牧與長老所組成。至于「聯合大會」則由每一「教務評議會」的教牧與長老中同等數目代表所組成。
1．地方教會之代表治理──改正宗教會與其他教會乃有所不同。一方面，乃不同那些教會以治理之權放在一位高級教士或首席長老手中；另一方面，又不同那些教會把治理之權由一般會眾掌管。他們既不信由一人治會──無論其為長老、牧師或主教；但也不信大眾的統治。因此他們揀選治會長老們作他們的代表，再由這些長老與牧師（或牧師們）組成一個委員會來治理教會。使徒們當他們按立那些創立教會的長老之時，很可能乃是依照大家崇尚的慣例，由長老們治理教會，而非由任何直接的誠命。照使徒行傳十一章三十節所說︰耶路撒冷的教會乃有長老。照使徒行傳十四章二十二節，保羅和巴拿巴在他們第一次周行宣道時所建立的教會裡，按立了長老。照使徒行傳二十章十七節以及腓立比書一章一節，可知長老們在以弗所和腓立比教會，都在施展他們的工作。保羅在提摩太前書三章一至二節與提多書一章五、七節又再三講到長老「監督」。我們須加注意在哥林多前書十二章二十八節；提摩太前書五章十七節；希伯來書十三章七、十七、二十四節；彼得前書二章一節，其中長老一名乃都用複數。長老們乃由會眾揀選，都是才能勝任治理教會之人。從使徒行傳一章二十一至二十六節，六章一至六節，十? |章二十三節來看，會眾在選舉的事上，都應有權表示他們的意見。尤有進者，從馬太福音十六章十九節；約翰福音二十章二十二至二十三節；使徒行傳一章二十四至二十六節，二十章二十八節；哥林多前書十二章二十八節；以弗所書四章十一至十二節；希伯來書十二章十七節，這些經文來看，又可確知此乃主親自設立這些治會之人，並且賦予他們必需的權柄。所以會眾的選舉，實乃對主內在的呼召一種外在的確証。複次，長老們雖系會眾的代表，但是他們的權威，並非從會眾，而乃從主而來。他們行施治理上帝之家之權，乃是奉君王之聖名，應當對他負直接的責任。
2．地方教會之相對自治──改正宗教會的治理，承認地方教會的自治，乃有幾方面的意義︰
（1）每一地方教會乃為一個完全的基督的教會，具備治會所需一切的條件，乃絕對無需任何外在的管治轄製他。而且這種轄製乃絕對違反地方為教會的本質。
(2 ) 雖然他們彼此接近的教會可以互相合拼，但是這種結合，乃無傷地方教會的自治。大會之權並非更高，此權乃屬于長老法庭（Consistory）。
（3）最高宗教裁判會議的權威和特權，不容威凌地方教會之上；無論在任何情況之下，也不得干涉地方教會內部的事務。
（4）地方教會和其他教會合拼以后，則在其與其他教會的關系以及全體的利益上，他們的自治權就應有其限度。他們教會的條例等于他們的憲章。一方面保護地方教會的權能與利益，一方面維護聯合教會共同的權能與利益。沒有一個單獨的教會可以漠視共同的協議和利益。
1．全體大會之聖經根據──聖經沒有講到或明確的命令某區的地方教會要組織一個有機的聯合大會；亦未給我們這種聯合大會的例証；而且事實上地方教會乃是一種個別整體，而不受外在組合的束縛。但是從教會重要的本質言，照聖經所敘述的來看，似有這種聯合。教會乃被描寫成為一種屬靈的機體；其構成的分子，彼此聯合起來，有生命的關系。此乃為主耶穌基督屬靈的身體，他「為教會作萬有之首。教會是他的身體，是那充滿萬有者所充滿的。」（參以弗所書一章二十二至二十三節）但是這種內在的聯合，必須藉著有形的方式，甚至機構，把它表現出來。聖經裡面講教會不僅是一個屬靈的身體，並且也是一個有形的身體，乃是「聖靈的（寶）殿」（林前六19）；是「有君尊的祭司，是聖潔的國度。」這裡每一個名詞均指一個有形的合一。公理教會的會友，獨立教會派的人士以及無宗派人士似都未看到這個重要的合一的事實。現在有形教會分裂的情況不能使我們漠視那些經文給我們的指示，不但無形的教會，並且有形的教會都是一個合一體。Ekklesia一詞，乃是單數的，這乃指示我們，有形教會乃比純粹的地方教會有一個更廣泛的意義。例如使徒行傳九章三十一節說︰「那時猶太、加利利、撒瑪? Q亞，各處的教會都得平安，被建立；凡事敬畏主，蒙聖靈的安慰，人數就增多了。」（並參林前一○32，一二28）再從哥林多前書十二章十二至三十節；以弗所書四章三至十六節來看，使徒乃有一個有形教會合一的觀念。保羅強調說︰「用和平彼此聯絡，竭力保守聖靈所賜合而為一的心。身體只有一個，聖靈只有一（位），正如你們蒙召，同有一個指望。一主，一信，一浸，一神，就是眾人的父，超乎眾人之上，貫乎眾人之中，也住在眾人之內。我們各人蒙恩，都是照基督所量給各人的恩賜……。為要成全聖徒，各盡其職，建立基督的身體，直到我們眾人在真道上同歸于一……，」尤有進者，在耶路撒冷和安提阿的教會雖有若干分開的團體，結果也合而為一。使徒行傳第十五章講到使徒和長老在耶路撒冷聚會商議，彼得、雅各相繼發言，認為外邦人既已相信從他們口中所傳的「福音之道」，就應「不分他們我們」，亦可見其有合而為一之心。耶路撒冷會議，乃由使徒與長老組成，乃不同「長老監督會」 （Classis）或「宗教會議」 （Synod）；乃為一種全體大會的例証，他們講的話，不是僅帶勸告的性質，而乃是有權威的。
2．全體大會之代表性質──在觀念上，全體大會乃是由地方教會管轄區內所有教會代表所組成，但是從其所代表的教會而言，這種團體乃往往缺乏效率。為求代表的數目臻于合理的比例，必須貫徹全體大會，代表的原則。不是由地方教會，而乃是由「長老轄區」 （Presbyteries）差遣代表參加宗教會議。為求建立一個周密的製度，乃須慚求縮小范圍；但總不遠離教會合一的精神，一方面要維護良好的秩序，一方面要增進工作的果效。
3．全體大會管轄的范圍︰──這些大會必須時時切記他們教會的特性。因為一切關于科學的、社會的、教育的或是政治的事項，乃都不屬其管轄之范圍。他們所應掌管的，只有關于教會的事，例如關于教義，德行，教會的治理與紀律以及有關維護主耶穌基督教會之合一和優良秩序的事。但除此以外，還有那些屬于較小會議所不能解決的事；以及有關眾教會一般性的事，例如關于信條、教會組織、崇拜儀式等事，也須加以處理。
4．全體大會之權能權威──全體大會並不代表高過那授與「主教法庭」（Consistory）的權能（Power），改正宗教會也認為沒有高于那屬于「主教法庭」的權能。但是他們的權威（authority），無論在程度上與范圍上，則又高過「主教法庭」。正如使徒的權能，其由十二使徒代表的，乃比一個使徒的為大；十個教會乃也比一個教會有更大的權威。尤有進者，全體大會的權威，不是僅僅適用于一個教會，並且廣及其所聯合的教會。因此全體大會的決議，乃是很有權威的，是不容任意取消的。「各教會獨立主義派」 （Independency）以為這些決議乃僅有勸告的性質，因此，是無需履行，實乃為一種危險的錯覺。這些決議，除非指明是僅為勸告的以外，乃是有權威的，乃為對于律法正確的詮釋，此乃為教會之首，萬王之王主耶穌基督的律法，對眾教會自有其約束力，務須謹守遵行。