教會權能的性質一方面是屬靈的，一方面是治理的。茲分論之︰
講到教會屬靈的權能，那並非完全是內在的或是不能目見的，因為主耶穌基督乃掌管我們的身體與靈魂，他的道和聖禮乃是有關我們全人的（whole man），而且執事們的任務，乃是特別有關會友們身體上的需要。屬靈的權能，乃為上帝的靈所賦與的權能。使徒行傳二十章二十八節說︰「聖靈立你們作全群的監督，你們就當為自己謹慎，也為全群謹慎，牧養上帝的教會，就用他自己血所買來的。」所以教牧唯有奉主耶穌基督的聖名，藉著聖靈的大能，始能施展這種屬靈的權能。約翰福音二十章二十二至二十三節說︰「（主耶穌）說了這話，就向他們吹一口氣，說︰『你們受聖靈。你們赦免誰的罪，誰的罪就赦免了；你們留下誰的罪，誰的罪就留下了。』」哥林多前書五章四節說︰「……奉我們主耶穌的名，並用我們主耶穌的權能，」這種權能只有屬于信徒；哥林多前書五章十二節說︰「教內的人豈不是你們審判的嗎？」這乃僅能用道德的屬靈的方式來行使，因為「我們爭戰的兵器，本不是屬血氣的，乃是在神面前有能力，可以攻破堅固的營壘」（林后一 ○4）。國家乃是代表上帝對于世人外在的與現世的情況的統治；但教會乃是代表上帝對于世人內在的與屬靈的情況的統治。前者之目的乃在確保其人民獲得並享受其外在的與公民的權利；而且時常不能不使用強製的權力，藉以抵製強暴。后者乃為抵製邪惡之靈，其目的乃在傳授他們真理的知識，一方面救他們脫離屬靈的捆綁，一方面在屬靈的恩典裡造就他們，引導他們順從他的律法，並且在生活上切實表彰出來。因為教會的權能是屬靈的，所以絕不使用壓力。主耶穌基督在世之時提示，他在地上的國度，乃用屬靈的權能來治理。路加福音十二章十三至三十二節說︰「……你們要謹慎自守，免去一切的貪心，因為人的生命不在乎家道豐富。……不要為生命憂慮吃什么，為身體憂慮穿什么；因為生命勝于飲食，身體勝于衣裳……。你們只要求他的國，這些東西就必加給你們了……。」馬太福音二十章二十五至二十八節說︰「耶穌叫了他們來，說︰『你們知道外邦人有君王為主治理他們，有大臣操權管束他們。只是在你們中間，不可這樣；你們中間誰愿為大，就必作你們的用人；誰愿為首，就必作你們的仆人。正如人子來，不是要受人的服事，乃是要服事人，並且要舍命，作多人的贖價。』」約翰福音十八章三十六至三十七節說︰「耶穌回答說︰『? 琲滌磥?摀o世界；我的國若屬這世界，我的臣仆必要爭戰，使我不至于被交給猶太人；只是我的國不屬這世界。』彼拉多就對他說︰『這樣，你是王嗎？』耶穌回答說︰『你說我是王。我為此而生，也為此來到世間，特為給真理作見証；凡屬真理的人，就聽我的話。』」羅馬教會可惜看不到這個重大的事實，他們堅持要得到現世的權能，專想要把世人整個的生命受他們的支配，這乃顯然有背主道。
從許多經文來看，教會的權能不是獨立的和最高的，此乃顯然無疑的。例如上文所引的馬太福音二十章二十五至二十七節，「耶穌叫了他們來，說︰『你們知道外邦人有君王為主治理他們，有大臣操權管束他們。只是在你們中間，不可這樣；你們中間誰愿為大，就必作你們的用人；誰愿為首，就必作你們的仆人。』」二十三章八、十節主耶穌基督說︰「但你們不要受拉比的稱呼，因為只有一位是你們的夫子，你們都是弟兄；……也不要受師尊的稱呼，因為只有一位是你們的師尊，就是基督。」哥林多后書十章四至五節說︰「我們爭戰的兵器，本不是屬血氣的，乃是在神面前有能力，可以攻破堅固的營壘，將各樣的計謀，各樣攔阻人認識上帝的那些自高之事一概攻破了；又將人所有的心意奪回，使他都順服基督。」彼得前書五章二至三節說︰「務要牧養在你們中間神的群羊，按著神旨意照管他們……。也不是轄製所托付你們的，乃是作群羊的榜樣。」這乃是一種治理的權能（diakonia Leitourgia）。使徒行傳二十章二十四節說︰「我卻不以性命為念，也不看為寶貴，只要行完我的路程，成就我從主耶穌所領受的職事，証明上帝恩惠的福音。」治理的權能，乃是從主耶穌基督而來，要順服他對教會最高的權威。羅馬書一章一節說︰「耶穌基督的仆人保羅，奉召為使徒，特派傳上帝的福音。」馬太福音二十八章十八至二十節說︰「耶穌進來，對他們說︰『天上地下所有的權柄都賜給我了。所以你們要去，使萬民作我的門徒，奉父子聖靈的名，給他們施浸。凡我所吩咐你們的，都教訓他們遵守，我就常與你們同在，直到世界的未了。』」這權能的施行，必須在聖靈引導之下，且和上帝聖言相符合。主耶穌基督乃是教會的君王，藉著他的名，統治教會。羅馬書十章十五節說︰「若沒有奉差遣，怎能傳道呢？」哥林多前書五章四節說︰「你們聚會的時候，我的心也同在。奉我們主耶穌的名，並用我們主耶穌的權能。」以弗所書五章二十三節說︰「基督是教會的頭；他又是教會全體的救主。」這種權能乃是真實的，而且是總體性的，包括傳講他的道，施行聖禮（參太二八19）；決定何者是天國所準許或不準之事（參太一六19）；赦免罪或留下罪（參約二○23）；和施行紀律等（參太一六18，一八17 ；林前五4；多三10 ；來一二15一17）。