教會為求加強彼此的關系，如果發現教會信仰與行為偏離聖經，在這種情況之下，教會在她對基督的責任上，就當要求她的姊妹教會糾正其錯誤，甚且撤消彼此的關系，不可貌合神離；但是等到那偏離正道的教會，完全歸正以后，仍當恢複原有的關系。關于這事，那適用于個人的律法，也可應用于教會。
新約教會的體製，乃是集合的（Congregational），不是獨立的，所以教會獨立應有其限度，不可我行我素，有我無人；而應相依相助，「彼此相顧」（參林前一二25）。每一教會因有其應負的責任，要持守真道，並善盡其責；但也應承認別的教會也有聖靈住在裡面，正如住在自己裡面一樣。教會公共的意見，必示其合乎聖靈的心意，始有其價值。雖然使徒保羅在安提阿，但是安提阿教會仍是征求耶路撒冷教會的意見。雖然沒有教會或是教會的協會對于任何單獨的教會能有合法的管轄權；但是倘使宗教會議受到呼召與指定，當對其發生道義上的感力。他們的決議，乃為一種真理的指針，若無重大的理由，教會便不應漠視或拒絕遵行。
台克斯德（Dexter）在其所著《公理會主義》一書中主張，獨立與相依，應加兼顧。司各脫氏（Charles S. Scott）說︰「浸信會和公理會的分別，乃在教會會議相對的權能。公理會主義，乃可說是一種會議主義（Councilism）。不但按立牧師及其初次就任須得會議的指教與許可，而且以后每一須待抉擇之事，也須征求意見與許可。」浸信會卻認為牧師按立以后，仍須這樣仰賴會議，乃是過于極端而欠允當。
教會對教會會議的決議，乃總是有權與正當理由，先加精察，然后決定究竟應否接納或拒絕，這乃絲毫沒有離開其原有的獨立的主權。但是，教會會議雖僅是教會一種協助的顧問機構，如果漠視其意見或勸告，則其結果，將犯一種對教會道義上的錯誤，可能使其所代表的教會和其他教會，脫離其宗派的關系與團契。教會與教會之間的關系，乃是和聖徒與聖徒之間的關系相似的。在他們中間，乃不容干涉對方之事，要彼此尊重敬愛；但是倘使發生嚴重的事件，則亦當對那教會提供意見。這乃出于善意，也為表示真誠相愛與關切之心。
賴德福氏（Lightfoot）說︰羅馬主教革利免（Clement）的信，並非從他發出，乃為羅馬教會給哥林多人勸請他們和好的信。不是教宗也不是主教，乃為全體會友對哥林多姊妹教會提供他們的意見。在主前九十五年，公理會主義認為那是他們一種責任，要幫那偏離正道或偏離正道之危險的姊妹教會。首要的職務（Primacy）乃是教會的，不是主教的，這首要的職務，乃是為仁慈良善。這樣弟兄相愛的團契關系，乃是從「地方教會乃為普世教會的化身」之基本觀念而來。柏爾克氏（Park）說︰「照公理會主義，眾教會乃自愿合作，互相契合。教會獨立主義（Independency）則不然，獨立派教會牧師按立或免職，都不征求其他教會的意見。」
照這一般的原則，倘使教會裡面各部分發生嚴重的爭論，那被邀請加以勸告的會議，必須是雙方同意的。牧師不可把他自己關在自己教會之內，而須和其他牧師和其他教會之間養成一種友好的關系。對于各種會議──自己宗派的全國會議，周年紀念大會等……，應當親自參加。他關懷他人的福利，愛人如己，舍己為人的嘉范德行，也能感召他教會的會眾。使徒保羅募集捐款，救苦濟難的聖范，我們當加效法。
教會獨立的原則，不僅須與聖徒合作的精神相一致，而尤應在基督之下和其他教會互相精誠合作。在這種精神之下，就能使教會不致侵占其他教會范圍之事，也不會利用其他教會的會友；且更能發展新的計劃，組織各種社會的與宣道的機構，並促進通力合作的精神。魏蘭校長（President Wayland）說︰「凡是對任何人，對任何事，都感不滿的人，就是最好的証據，他乃是一個性情乖僻，不能合作的人。」這個道理，不但適用于個人，且又適用于教會。每一個教會應當切記，她雖有主耶穌基督住在裡面而引以為榮，但這乃僅為構成那偉大身體的一部分。「教會是『主耶穌基督』的身體，是那充滿萬有者所充滿的。」他「又將萬有服在他的腳下，使他為教會作萬有之首。」（參弗一22一23）教會有了這個觀念，方能加強教會之間的關系。