三位一體論，乃是常令困惑的奧秘，教會先賢企圖用人的智慧製訂教義，致常違反經義，偏離正道。
主耶穌時代的猶太人，乃是強調上帝的獨一性，這種思想，一直影響后人，以致否認上帝有不同的位格，否認三位一體中第二第三位的神性。特土良（Tertu11ian）乃是最先用「三位一體」（ Trinity）一詞的教父，但他所製訂的教義，甚不健全，他倡「從屬論」（subordination），聖子聖靈對聖父的地位，乃是從屬的，不是平等的。俄利根（Origen）襲承其說，且變本加厲，他說聖子在本質上對聖父是從屬的；而聖靈又是從屬聖子的。他降低了聖子聖靈的地位，除去了他們的神性。這種學說遂成為亞流派（Arians）異端的厲階，不僅否認聖子聖靈的神性，並且說聖子乃是聖父最初的被造物，而聖靈乃為聖子最初的被造物。這樣便否認聖子聖靈和聖父的平等性，而不是和聖父同體、同質、同性的。亞流派仍是維持三一論，但是到了主宰論派（Monarchianism ），乃更變本加厲，其激烈者（Dynamic monarchianism），認為主耶穌基督，僅是一個人，惟以其性質優越，致其有神的名位；至于聖靈，則僅有一種神聖的感力。其主變形說者（Modalisticmonarchianism），則以為聖父、聖子、聖靈僅為神三種變化和顯現的形態。另有一派，甚至不知三位的合一性，而陷入「三神論」 （Tritheism）的異端。例如反對卡西敦（Cha1cedon）正統教義，否認主耶穌神性的「一性論」異端（Monophvpsiks），如阿斯孔耐祺（ John Ascunages）和斐羅朋納斯（John Phi1oponus）以及中古時期的名目論派（Nominalist一稱唯名論派），如洛色林（Roncelinus），都有同樣的錯誤。洛氏認為三位論的神，僅為一個名目，沒有所謂神的實體。此說違背正統教義，大遭教會的譴責。一○九二年索亞遜（Soisson）宗法大會，判定洛氏應放棄他的異端。
查尼西亞（Nicea）教義大會于三二五年宣告聖子乃和聖父同質，教會製訂三位一體的教義；在三八一年君士坦丁堡教義大會又宣稱聖靈的神性。聖父、聖子、聖靈乃彼此相關，同為一體，聖子出自聖父；聖靈乃出自聖父聖子。在東方教會的大馬色約翰（John of Damascus）雖倡三位一體論，但乃有「從屬論」的成分，奧古斯丁在其名著《三一論》（De Trinitate）中，便把其說完全糾正。
三位一體論，在改教運動以后，沒有重大的發展，但關于這個基本教義，卻一再發生許多異端邪說。例如阿敏念派（Arminians），以及伊比哥標（Episcopius）、寇西勞（Curcel1aeus）、林鮑（Limborgh）又重振「從屬論」（Subordination），認為聖父在地位上，尊嚴上以及權力上，乃比聖子聖靈，更為崇高。英國的克拉克（Samuel Clarke）以及路德宗的神學家甘尼斯（Kanis）等也有同樣的見解。附和此種說法的還有撒伯流（Sabellius）的變形說（Modalism），以及瑞典堡（Samuel Swedenborg）等各種謬論。瑞氏原為著名科學家，后忽棄其所學，研究宗教，自命曾經過一種神秘的方式，受神呼召，得到上帝特別的啟示，得窺上帝聖道的奧秘；認為當時的教會，都已失敗，都不明聖經的真理，從而創立一種「新耶路撒冷教會」（Church of New Jerusalem）。他認為上帝不僅是一種本質（essence），又複有其形相（form）。這個形相便是人，所以上帝乃為「永在的神一人」。他反對「三位一體」論，誤以為這乃為「三位上帝論」（Tritheism）。他認為上帝只有一位，聖父、聖子、聖靈，猶如人之有身體與靈魂。從他神性說，乃是聖父；從其人性說，乃是聖子；而聖靈僅為聖父聖子所發的功能和感力。此外還有黑恪兒（Hegel），他認為聖父乃是上帝本身；聖子乃是上帝具體化；聖靈乃是上帝回到他自己裡面。又有施萊瑪赫（Friedrich E. D. Schleiermacher），他反對三位一體論，認為聖父乃是宇宙萬物中的上帝；聖子乃是在人裡面成了人的樣式的上帝；聖靈乃是在教會裡面的上帝。還有蘇西尼（Laelius Socinus），他雖認主耶穌有超凡的特性，但卻否認他的神性，他乃承襲亞流派異端；他認為神體只有一位，主耶穌乃是人，不是神，聖靈僅是一種感動的力量。蘇西尼派乃是神體一位論派（Unitarians）和現代自由神學家的先驅，他們視主耶穌僅是一位神聖的教師。以后有些學者以為傳統的三位一體論乃是虛幻難測，不可理解，于是史都阿德（Moses Stuart）、亞力山大（W. L. Alexander）和勃朗氏（W. A. Brown）等，便倡導一種所謂「實用的三位一體論」（ Economic Trinitv ），從救贖工作和人的經驗來把他闡明。有一段時間三位一體論的教義，趨于消沉，學者特別重視上帝位格的論辯。尤其是白魯納（Brunner）和巴雨德（Karl Barth），他們把這個問題和啟示一並檢討。他們認為聖父是啟示者（revealer）；聖子是啟示（revelation）；聖靈乃是啟示的內容（revealedness一content of the reve1ation）。上帝和他的啟示乃是相同的。
關于三位一體論，茲分以下各點，加以論列︰（1）聖經啟示三位一體；（2）三種位格是分殊的；（3）三種位格是永恆的；（4）三種位格是合一的；（5）三種位格是同等的；（6）三位一體是奧秘的。